Научная полемика в ЖЖ

Я вам скажу, такое редко встречается, когда в ЖЖ разворачивается начная полемика таких грандиозных масштабов. Тут у меня в коментариях дискутируют два биофизических-нейрофизиологических монстра. Один ученый
shao_s с публикацией "Science" с другим ученым автором статьи в "Nature" Максимом Волгушевым ведут
захватывающий диалог по принципиальным вопросам в узкой тематике генерации нервного испульса. Для непосвященных:

круче только яйца
редкий ученый может добросить шапку до нейчер с сайенс. Я в теме не разбираюсь совсем, поэтому только наблюдаю и мотаю на ус на тему аккуратности экспериментов.

Что касается аккуратности экспериментов, в другом конце ЖЖ развивается
вялотекущая шизофрения касательно славного лысенковского прошлого. Чисто случайно попалось на глаза, но упорство, с каким автор отстирывает грязное прошлое, умиляет. По всем вопросам дискутировать смысла не имеет, уже и до меня все сказано. Просто додам в копилку пару фактов из первоисточников касательно вегетативной гибридизации.

Наряду с кучей разных заблуждений лысенковцев, отдельным пунктом стояла
вегетативная гибридизация. Рассказываю на пальцах : Суть идеи заключалась в том, что если на подвой (стебель), привить привой (почку или побег) , то привой генетически изменяется и приобретает признаки подвоя. Крайний вариант, когда утверждается, что с точки зрения потомков, нет разницы между переопылением и вегетативной гибридизацией.

Со временем разобрались, что предположение неправильное, поломали немало копий, но подтвердили экспериментально, что привой генетически не изменяется. Но тут ревизионисты давай шуршать по сусекам и находить статьи, где доказывается правота Лысенко.

Цитирую "Самое смешное, что "опровергающих экспериментов" – с гулькин нос. Даже по известной теме вегетативной гибридизации, по сути, кроме работ Беме и Штуббе ничего толком нет. "

Чесное слово, прошла бы мимо, если бы за имя Штуббе не зацепилась. Дело в том, что я уже десятый год работаю в институте, директором которого с 1945 по 1969 года этот самый Штуббе и был. И именно здесь в 50тые годы развернулась самая здоровая научная оппозиция лысенковщине.

В общем слово за слово, давай я уточнять, что там с экспериментами Штуббе новым лысенковцам не понравилось. И вот что мне
отвечают:

"А Вы для сравнения возьмите, например, статью Штуббе из Ботанического журнала (Г. Штуббе. Состояние и развитие исследований по генетике растений в ГДР // Бот. журн. – 1957. – № 5. – С. 1962 – 1377.), раздел, где он описывате работы по вегетативной гибридизации, и монографию Глущенко – и увидите. У меня просто сейчас этих работ под рукой нет. Но, насколько я помню, Штуббе писал о строго определенных признаках, у Глущенко работа идет с несколько другими признаками, да и спектр признаков больше. Кроме того, Штубе четко писал, что гибридизация не подтвердилась именно по этим признакам, но нужна дальнейшаа проверка.

Кроме того, в журнале, главным редактором которого был Штуббе была статья, подтверждающая вегетативную гибридизацию – И.Шилов, В. Мерферт (сотрудники Института растениеводства в Беренбурге). К проблеме вегетативной гибридизации у томатов. – Der Zuсhter. – 1960, т. 30, № 2"

Тут надо сказать пару слов, кто такой Штуббе. Это видный немецкий генетик культурных растений, который имел серьезные расхождения во взглядах с нацистами и проблемы с карьерой и только с 1945 года возглавил институт растительной генетики в ГДР. Я это все говорю для любителей идеологии, чтобы дополнительно отметить, что фашистской евгеникой тут не пахнет. С Лысенко у него сложились особые отношения. В то время, как Лысенко с 1938 по 1956 год и в 1961-62 годах возглавляет ВАСХНИЛ, Штуббе с 1951 года по 1967 год возглавляет Die Akademie der Landwirtschaftswissenschaften der DDR. То есть тесные коллеги по сельхознауке в соцлагере. Они общались лично, влияние лысенковщины на сельскохозяйственную науку в ГДР было огромным, Штуббе ездил сам смотреть на эксперименты по вернализации и вегетативной гибридизации. Но очень бысто сообразил, что это разводилово, но нет иного пути, как подтвердить все это экспериментально. Вся дальнейшая научная полемика происходит в основном между советскими и ГДРовскими учеными. Штуббе с коллегами взялся за работу. Дальше короткое изложение в хронологическом порядке некоторых ключевых статей про томаты, например:

1954 год Über die vegetative Hybridisierung von Pflanzen. Versuche an Tomatenmutanten.
Kulturpflanze
2 , pp. 185–236

В результате за четыре года проведено около трех тысяч прививок и не наблюдалось эффекта передачи наследственной информации от подвоя к привою.

Вывод: "Die mit größtem Material und Zeitaufwand durchgeführten Untersuchungen zum Problem der vegetativen Hybridisierung von Pflanzen haben an meinem Material keinen Hinweis für die Existenz einer solchen Erscheinung gegeben. Die Angaben sowjetischer Autoren konnten daher nicht bestätigt werden."

(Длительные исследования на нашем материале, касательно проблемы вегетативной гибридизации растений, не дают основания для существования такого явления. Сведения советских авторов не могут быть подтверждены).

Дальше жонглеры действительностью цепляются за возможные несоответствия в дизайне эксперимента (ну совсем как Ермакова), и Глущенко действительно утверждал, что дескать "спектр признаков больше" (мы к этому чуть ниже еще вернемся). Но пока про работу И.Шилов и В. Мерферт, на которую мне выше намекают. Я ж не поленилась и сходила в библиотеку. Есть что-то чарующее в старых фолиантах Der Züchter. По ходу дела Шилов оказался Шиловой, и действительно в

1960 году вышла статья "Ein Beitrag zum Problem der vegetativen Hybridisation von Tomaten", где авторы берут подвои красных томатов, прививают на них желтые и получают во втором поколении один красный томат среди желтых. В выводах, однако признаются, что цветки не изолировались от перекрестного опыления и честно пишут, что
вероятно это влияние подвоя, но требуются дополнительные проверки. Надо сказать, что действительно, редактором этого журнала был сам Штуббе, что только подтверждает тот факт, что редакторская политика не зависела от идеологических и личных научных убеждений.

Но на этом история со злосчастными томатами не завершилась. Окончательную точку поставили в том же Die Züchter.

В 1962 году выходит статья Peter Dill " Ergebnisse mehrjähriger Tomatenpfropfungen. Ein Beitrag zur Frage der vegetativen Hybridisation", где подводится итог дискуссии ГДРовских ученых с Глущенко и Лысенко, упоминаются работы и Штуббе, и тех же Шиловой с Мерфер, и Беме и многих других.

" Gluschchenko (1957) behauptete, die Mißerfolge seien auf eine unzulängliche Methodik und eine falsche Beurteilung der Versuchsergebnisse zurückzuführen. Diese Einschätzung der Arbeiten überrascht, denn bisher sind die Versuchsbedingungen zu wenig erforscht und begründet, um derartige Aussagen zu rechtfertigen.

Wie noch gezeigt wird, entstanden ,,vegetative Hybriden" auch bei einer völlig anderen Behandlung der Pfropfpartner, so dass die Versuchsbedingungen Gluschchenkos nicht allgemein gültig sein können. Sollen aber die Versuche an andere Forschungsstätten im Sinne Gluschchenkos richtig durchgeführt werden, so sind hierfür unbedingt klare Voraussetzungen notwendig."

(Глущенко утверждал, что неудачи связаны с неадекватной методологией и неправильной оценкой результатов испытаний. Такая оценка работы удивила, поскольку до настоящего времени экспериментальные условия изучены слишком мало, чтобы делать подобные заявления.

Как будет дальше показано, если возникновение "вегетативных гибридов" наблюдается при совершенно разных обработках привоя и подвоя, то экспериментальные условия Глущенко не могут рассматриваться как универсальные. Если Глущенко считает, что в других научных учреждениях должны проводиться правильно, то надо точно указать, как именно.)

Кроме того, Дилль проводит свои испытания на семенном материале, полученном из Одесского института. Подробно записывает методику прививки с фотографиями, протоколирует кучу показателей несколько поколений подряд и приходит к выводу, что все наблюдаемые изменения результат переопылений или мутаций. В дискуссии разбираются и другие предыдущие результаты.

И в заключение. Я отдаю себе отчет, что ревизионисты конечно же не утешатся этим фактом. Но я хочу сказать, что это далеко не единственные работы экспериментально опровергающие лысенковщину и предупреждаю парней, которые отряхивают нафталин из френча Трофима Денисовича, что я держу на всякий случай под рукой экземпляр Geschichte des Institutes für Kulturpflanzenforschung Gatersleben der Deutschen Akademie der Wissenschaften zu Berlin. Там все запротоколировано.

Advertisements

Холисты, черт бы их побрал.

Поскольку этот холизм уже навязчиво лезет не глаза, то я бы сказала, что это тенденция. Для тех, кто не в теме: вооружившись методологическим подходом –
редукционизмом (разложить общую картину мира на составляющие и изучить их в надежде понять как это все работает), современная наука так и не может этот разобранный паззл собрать воедино (что в общем-то верно, но частично и все не так просто).

Вопрос "Как его собрать назад?" частично адресуется современной философии. Ну, или современная философия берется сама его решить. И некоторые не придумывают ничего более оригинального, как предложить
холизм. (целое – это нечто большее, чем сумма его частей и надо не в детальках ковыряться, а смотреть на полотно издалека и улавливать тенденции). Холизм становится чрезвычайно модным и в науке, хотя философам еще надо осмыслить его идеологические преимущества и методологические недостатки. Как бы там ни было, первыми на это поле ломанулись фрики и теперь обещают все изобразить одним общим мазком на полотне мира, вместо утомительного разбирания на запчасти и винтики.

Но я сейчас не о фриках, а о философах. Попалась на глаза случайно статья. Цитирую отрывок: "Обоснование единства фрактальной структуры последовательностей ДНК и человеческого языка отвечает оригинальному направлению в семиотике, известном как "
Лингвистическая генетика". Разработано теорию фрактального представления человеческих и генетических языков. Согласно этой теории, квазиязык ДНК владеет потенциально неисчерпаемым запасом "слов". Последнее особенно актуально и переводит понятие ДНК-текстов с участка метафоры у формализованное русло лингвистики и лингвистической генетики.

Геномы растений спообны распознавать человеческий язык независимо от того, к какой группе языков он принадлежит. Это полностью отвечает утверждению лингвистической генетики про существование праязыка генома, общего для всего генофонда планеты, который сохранился в общей структуре".

Вся гараяевская волновая генетика как доказанный факт, а лигвистическая генетика если не  за пределами добра и зла,  то во всяком случае далеко за пределами здравого смысла.  Думаете это статья "где-то просто так в Интернете?" Отнюдь. Это статья из научного журнала "Вісник Львівського університету. Філософські науки 2008 вип. 11". Автор Володимир Боднар "Онтологічні аспекти життя в контексті сучасної біології".

Литературная газета о генетике и Лысенко.

Вчера
vigna подкинула ссылочку на
феерический бред в Литературной газете. Писал статью, кстати, профессор, доктор медицинских наук.

Два первых абзаца просто пурга, но вот третий. На третьем я сдохла.

Почему клоны столь нежизнеспособны? Одно из объяснений в том, что не только ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота) клеточного ядра ответственна за генетику, но также цитоплазма, внутриклеточная среда, в которой «плавает» ядро. Это доказала американка Барбара Мак-Клинток, за что ей 1983 году присудили Нобелевскую премию. (
Барбара Мак-Клинток получила Нобелевскую премию совершенно не за это, а за открытие мобильных элементов генома. Она же создала первую генетическую карту кукурузы.)

Крупнейшее открытие! Объясняет передачу от одних бактерий к другим устойчивости к антибиотикам и многое другое! (
Да, действительно много объясняет, но это если еще знать, что бактерии вообще-то безъядерные организмы. )

Но овечка Долли умерла, а раньше умерла та генетика, которую с избыточной страстностью критиковал Лысенко. Законы Грегора Менделя, детализированные Морганом, оказались точны лишь для гороха, на котором экспериментировал первооткрыватель этих законов – любознательный богемский монах. (
А что? В медицине законы Менделя уже все? Отменили? Быстро что-то. )

На дальше уже совершення пурга: "Эксперты по прошествии времени считают вклад Т.Д. Лысенко в науку, и тем более в практику, большим, чем, например, И.П. Павлова. Но наш великий физиолог и нобелевский лауреат держал фигу в кармане против властей, за что его, возможно, отравили; но, с другой стороны, его репутация осталась безупречной." (
Интересно, что за эксперты и в чем, собственно заключается вклад Лысенко?)

"… погибший в тюрьме Н.И. Вавилов крайне мало сделал для науки и практики, зато много путешествовал, заводил на Западе знакомства, имел там счета в банках («но кто об этом не мечтает?»). И растрачивал государственные средства без отдачи." (
То есть учение о мировых центрах происхождения культурных растений, сформулированный закон гомологичных рядов, который по значению для науки приравнивается к таблице Менделеева, я уже не говорю о масштабных коллекциях семян, это все не вклад в науку и практику, то я уже даже не знаю, как может выглядеть достойный вклад)

UPD: Посмотрела статью в Википедии о Лысенко. Раздел
обсуждение. Судя по свежим датам, дискуссия продолжатеся.
kouprianov отстаивает генетику. Пока еще вполне успешно.

Гибриды и гетерозис.

Буквально днями в дискуссиях возникло несколько вопросов о гибридах и гетерозисе:

Читатель пишет: "Раньше мои родители высаживали огурцы, собирали семена, высаживали на следующий год. С существующими в продаже культурами сейчас это не срабатывает, особенно с ГМО. То есть у корпораций есть заинтересованность продавать именно такие семене и эту заинтересованность можно обламать только прямым запретом."

Где-то в это же время в другой дискуссии мне отвечают: "Лично для меня гибриды и ГМО – не есть что то позитивное или особо полезное. И цена на гибридные семена все таки значительно отличаются от цен на чистую семенную продукцию."

Это при том, что в школе явление гетерозиса изучают отдельным параграфом. Я сначала подумала, что тут вообще у людией пробел в знаниях и сделала поиск по блогам по слову "гетерозис". Результат меня ошеломил, потому что на сотни ссылок, только одна-две касаются каким-то боком генетики, семеноводства и селекции. В остальных же эффект гетерозиса рассматривается исключительно из позиций социогенетики и им объясняют все, от природы пассионарности, межрасовых браков с неизбежным последующим вырождением генофонда нации, талант метиса Пушкина и исполинский рост потомков Сифа из библейских рассказов. Что характерно, все знают не только внешний эффект, но и механизмы. Это при том, что наука еще сама до конца не знает природу гетерозиса, хотя наблюдает эффект давно и припасла пару теорий.

Мы тоже в стороне от волнующей темы гетерозиса не стоим и как раз днями закончили серию экспериментов, призванных приподнять завесу над загадкой молекулярной природы гетерозиса. По факту скажу, что прояснилось мало, но все-равно интересно. По ходу дела я сама немного разобралась с темой и узнала много нового.

История.

Гетерозис – феномен "гибридной силы": ускорение роста и увеличение размеров, повышение жизнестойкости и плодовитости гибридов первого поколения (F1 от Filial 1), по сравнению с родительскими формами (на картинке родительские формы по сторонам, а в центре гибрид).

При культивировании последующих поколений эффект пропадает. Впервые его описал немецкий ботаник Кельрейтер еще в 1760 году, потом на него обратил внимание Дарвин, который описал множество примеров гетерозиса в своем труде о перекресном опылении и самоопылении растений. И, наконец, в 1914 году американский генетик Шелл назвал это явление собственно гетерозисом, и вместе с другим ученым Истом придумал теорию «сверхдоминирования», которая частично объясняет феномен. Приблизительно в это же время исследователи Джонс и Брюс предлагают другую теорию «доминантности», которая тоже как бы объясняет гетерозис. Тогда же были разработаны методы получения гибридов и использования феномена гетерозиса в сельском хозяйстве преимущественно на кукурузе.

В общем, до недавнего времени в научной среде все разговоры о гетерозисе базировались на качественной генетике и наблюдалась вялотекущая дискуссия «сверходоминирование» vs. «доминантность». А сельское хозяйство активно взяло метод на вооружение, потому как у таких зерновых как рожь или кукуруза урожайность F1 гибридов возрастает вдвое по сравнению с родителями, по даным различных источников еще десять лет назад до 90% сахарной свеклы и кукурузы, 80% шпината, 60% брокколи и томатов выращивались как F1 гибриды и сейчас явно не меньше. Промышленное получение гибридных семян довольно трудоемкий процесс, требующий поддержания инбредных линий родителей, искусственное переопыление, зачастую двойное, для упрощения которого пробуют использовать пыльцевую стерильность одного из родителей. Возвращаясь к первому предложению читателя касательно заинтересованности корпораций, то можно, конечно, запретить, но нужно ли. Корпорации и сами рады бы знать, как бы так сделать так, чтобы урожайность обычных сортов была сравнима с F1 гибридами , поэтому над загадкой гетерозиса ломает голову фундаментальная наука, в надежде найти те ключевые гены, которые за это ответственные. А вдруг есть такие?

Немного о механизмах.

Уже давно было подмечено, что эффект гетерозиса противоположен явлению инбридиной депрессии – это когда в результате принудительного самоопыления или инцеста уже за несколько поколений многие гены переходят в гомозиготное состояние (наблюдаем на картинке судьбу красной буквы а)

Поскольку в гомозиготном
рецессивном (
аа) состоянии многие ключевые гены оказываются вообще выключеными, а доминатные гены в тоже бывают молекулярными репрессорами и гомозиготном состоянии (
АА) активнее, то часто это фенотипически проявляется в виде различных уродств, уменьшении размера семян, или генетических заболеваний у животных. Если взять две такие чахлые инбредные линии и скрестить, то о, чудо, у уродливых родителей получается здоровое красивое потомство. Как я уже выше сказала, уже в следующем поколении будем наблюдать широкий спектр различных фенотипов, которые значительно слабее этого родителя, но который вряд ли будет хуже, чем бабушка и дедушка. Это я специального говорю для тех, кто увлекается генетическими теориями в контексте межрасовых браков с неизбежным последующим вырождением генофонда нации. Даже если представить, что две рассы с инцестом в истории культурной традиции, вдруг перемешались, то последующее вырождение вряд ли будет выраженнее чем у догибридных предков. Это я даже не говорю о социальной составляющей всей этой истории.

Ну так вот, раз уже ясно, что при скрещивании инбредных линий, многие гены в гибридах переходят в гетерозиготное состояние (
Аа) и вероятно, что это и есть причина гетерозиса. Но как именно это работает?

«Доминантность» или «Комплементация»

Лучше всего эту теорию проиллюстрировать на примере с буковками четырех каких-либо произвольных генов:

Генотип инбредной линии 1 – АА бб сс ДД (два из четырех генов в гомозиготном рецессивном состоянии)

Генотип инбредной линии 2 – аа ББ СС дд (два из четырех генов тоже в гомозиготном рецессивном состоянии)

Генотип гибрида F1 – Аа Бб Сс Дд (все четыре гена содержат доминатную алллель)

То есть все гены, которые были «выключены» в гомозиготном рецессивном состоянии вдруг «включились» и организм просто ошалел от счастья. Однако некоторые соображения предполагают, что эффект гетерозиса нечто более сложное, чем простая комплементаця. Например, если исходить из этого предположения, то существует возможность сконструировать такую инбредную линию, где бы важные доминантные гены были в изначально гомозиготном состоянии (например АА ББ СС ДД) и тогда они были бы фенотипически близки к гибриду. Но такого не наблюдается, поэтому все больше внимание привлекает другая теория:

«Сверхдоминирование»

Это теория, когда гетерозигота Аа по каким-то причинам лучше, чем любая из гомозигот АА или аа. Я уже выше мельком отметила, что доминантный ген не означает автоматически «лучший». Он точно так же может быть и репрессором каких-то процессов и в гомозиготном состоянии его репрссивное действие только усиляется. В глобальном смысле гетерозиготное состояние «гармонизирует» молекулярные процессы и «выключает» особенно рьяные репрессоры. Это было бы очень простым объяснением, если бы мы знали, как координируется работа всего генного оркестра.

И тут появляется все больше свидетельств, что ключевую роль играет иерархия генов. Есть ключевые регуляторы, которые играют значительно большую роль в причинах гетерозиса и то, что мы потом наблюдаем – это последствия перехода именно этих ключевых регуляторов в гетерозиготное состояние. В общем, как только вырисовалась эта теория, все немедленно бросились искать эти несколько регуляторов. Сейчас бум в наблюдении экспрессии генов в гибридах. Что интересно, в зависимости от того, какую теорию, доминантности или сверхдоминирования мы берем за исходную, мы по разному интерпретируем результы генной экспресси. Не буду дальше запутывать, скажу только, что по результатам последних исследований, с точки зрения молекулярной биологии в гетерозисных гибридах наблюдаются и комплементация, и сверхдоминирование, и эпистатическое взаимодействие, и, что характерно, нащупали ключевые регуляторы, которые руководят генным оркестром при гетерозисе.

Небольшой нюанс, о котором я не знала.

Принес мне как-то шеф семена бобов в кулечке, разложил на столе и говорит:" вот, надо проанализировать экспрессию генов этих гетерозисных семян". У мене перед глазами классная кукуруза и чахлые инбредные линии с университетского учебника общей генетики Гершензона как на картинке выше. А тут на столе семена, едва отличающиеся внеше. Где, – спрашивю – тут инбредные родители? Где жирные потомки? Вот, – говорит шеф – и показывает на кучку семян, которые по размеру точно меньше одного из родителей. Нуу,-говорю,- шутник. Я ж знаю, что такое гетерозис! Потомки должны быть больше обеих родителей! А вот и не знаешь, -сказал шеф – это называется mid-parent heterosis. Это когда смешать семена обеих родителей и посчитать средний вес, то он будет меньше, чем средний вес потомков. Вот. Теперь и я знаю, знайти и вы.

Что будет, если ключевые гены найдут? Конечно же то сделают с ними ГМО! Тогда и поговорим про злые корпорации.

Вопросы журналистки о ГМО и мои ответы

Много букв

1)
Расскажите о

космосе
мировых научных исследованиях, которые проводились на тему ГМО?

Все научные исследования на тему ГМО можно условно разделить на насколько групп.

ГМО в фундаментальной биологической науке это рутинный инструмент для изучения роли генов в различных биологических процессах. Без него трудно представить какое-либо современное экспериментальное исследование генетиков и молекулярных биологов. Генной модификации подвергаются как модельные организмы от бактерий до крыс, так и экзотические, как тополь или корова. В этом случае ученые не преследуют цель получить практическую или экономическую выгоду от ГМО, а только изучить работу гена. Занимаются этим преимущественно в научно-исследовательских институтах.

Коль скоро такой инструмент существует и мы уже знаем, какую роль играет ген в определенном биологическом процессе, то можно попробовать целенаправленно изменить организм так, чтобы он приобрел какие-либо полезные свойства. Эти полезные свойства могут касаться устойчивости организма к вредителям, болезням, условиям внешней среды, улучшения питательных качеств или выработки организмом какого-то важного биологического соединения. С этого момента эти исследования становятся меньше научными, а касаются больше вопросов технологии. Этими исследованиями в основном занимаются коммерческие фирмы и меньше научно-исследовательские институты.

Как только ГМО покинул стены лаборатории и стал культивироваться в открытой природе, особенностями его произрастания в природе занимаются экологи.

И, наконец, вероятно самые важные для потребителя исследования ГМО, это как раз те, которые касаются безопасности его употребления в пищу. Проводятся они как на модельных объектах – крысах, например, так и изучение отдельных компонентов ГМО на токсичность или аллергенность.

2)
Общалась с Ириной Ермаковой из Института высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН (ее сайт http://www.irina-ermakova.ru). Она проводила исследования на тему ГМО. Так вот Ермакова пишет, что «ГМО приводят к генетическим уродствам, онкологии, бесплодию, аллергии, нарушению материнского инстинкта, повышенной тревожности, нарушению обучения». Ваше мнение, насколько ГМО безопасно? И если вы считаете, что безопасно, то почему мнения ученых насколько кардинально противоположны? С чем это связано?

Это нормальная научный процесс, когда мнения и результаты ученых кардинально отличаются. Тогда начинается научная полемика, в которой рождается истина. Проблема опытов Ермаковой в том, что результаты появились в средствах массовой информации раньше, чем в научных журналах, поэтому не прошли фазу здоровой научной дискуссии, зато уже стали прочным базисом для мифов и предрассудков в сознании потребителей. Только в 2007 году журнал Nature Biotechnology пригласил мировых экспертов для оценки результатов Ермаковой. В результате у официальной науки серьезные претензии к дизайну эксперимента, к его проведению и, наконец, к выводам, к которым пришла Ермакова.

Я считаю, что о безопасности мы можем судить только по результатам корректных экспериментов, которые проводились неоднократно различными учеными. До сих пор они демонстрировали безопасность употребления ГМО в пищу. Хотя должна сказать, что ГМО, как и любое другое изобретение человечества не дает стопроцентной гарантии безопасности, более того, его вполне можно сознательно использовать во вред. Поэтому вопросы био-безопасности ГМО находятся не только в компетенции ученых, но и в компетенции органов безопасности.

(История дискуссии Ермаковой с научной средой тут

http://progenes.livejournal.com/13810.html

http://progenes.livejournal.com/18534.html)

3)
До сих пор в Украине продукция в которой использовано ГМО не маркируется. Хотя на самом деле по оценкам независимых экспертов в Украине не мало продуктов с использованием ГМО. Как вы считаете, почему в Украине до сих пор не решен этот вопрос? Связано ли это с тем, что отсутствие нормативной базы позволяет в большем количестве проталкивать на украинский рынок ГМО? Если да то, кто в этом заинтересован? И какую прибыль от этого получает?

Нормативная база сама по себе мало что значит. Прежде всего маркировка продукции требует наличие средств и возможностей для анализа продуктов и их контроля. В Украине только недавно появились несколько лабораторий, которые могут проводить анализ на наличие ГМО. Но их катастрофически мало. Чтобы анализ был достоверным и качественным и не стал предметом коррупции, необходима конкуренция между независимыми аналитическими учреждениями.

Я не владею информацией об объемах ГМО на украинском рынке. Но могу предположить, что самый большой объем ГМО занимает трансгенная соя (продукты ее переработки, технологически важные компоненты пищевой промышленности), затем кукуруза и рапс. Наличие других ГМО, как картофеля, сахарной свеклы, риса вряд ли имеет какой-либо ощутимый экономический вес и долю на рынке. Думаю, что больше ничего из ГМО на наших прилавках нет. Ни томатов, ни яблок, ни огурцов.

Это значит, если нам говорят, что 30% продуктов содержит ГМО, то это означает не что иное, как 30% продуктов содержат сою. Это касается как молочных и мясных продуктов, так и кондитерских изделий.

На мировом рынке 72% сои – трансгенная. То есть вполне логично предположить, что она дешевле, нежели 28% нетрансгенной, поэтому попадает к нам на прилавок. В этом году в результате засухе в Аргентине, третьем из мировых поставщиков сои на мировом рынке, потеряна треть урожая. Китай тоже в этом году закупил неожиданно большие объемы сои. При этом цены на сою продолжат расти, причем дорожает соевый шрот внутреннего производства. Введение запрета на ввоз сырья с содержанием ГМО больше 0.9% неминуемо приведет к подорожанию 30% продуктов питания, хотя возможно подстегнет отечественного производителя сои, который тоже будет обязан тратится на анализы. В любом случае потребитель проиграет.

Я считаю, что законодательная база о маркировании ГМО должна идти в ногу с полным и качественным информированием потребителя о преимуществах и недостатках ГМО. Иначе маркировака сама по себе непременно станет средством манипулирования в недобросовестной рекламе.

4)
Насколько выгоднее делать продукты с использованием ГМО? Насколько выгодно выращивать ГМО?

Я не технолог пищевой промышленности, поэтому затрудняюсь сказать, насколько выгодно делать продукты с использованием ГМО. Процесс производства самих ГМО довольно трудоемкий, высокотехнологичный и дорогой. Посадочный материал ГМО дороже, чем обычный и окупается только при условии, когда культивирование требует меньших затрат на машинную обработку, полив пестицидами, и обещает больший урожай при неблагоприятных погодных условиях.

5)
Как вопрос с ГМО решается в Германии? Какая законодательная база существует в этом вопросе?

В вопросах культивирования ГМО Германия придерживается общей законодательной базы Европейского Союза. К культивированию допускается ГМО кукуруза, которая в прошлом году занимала 2% от всей культивируемой кукурузы вообще. Кроме промышленных посадок, в Германии высаживаются небольшие экспериментальные поля различных генноизмененных культурных растений. И в первом и во втором случае требуется придерживаться определенных правил во избежания переопыления, места посадки картируются и карты доступны для ознакомления всем желающим. Германия также импортирует ГМО сою. 70% всей сои импортируется из США, Бразилии и Аргентины и эта соя является трансгенной. Однако большинство этой сои используется как корма для животных.

Cвое ГМО не пахнет

Я уже зарекалась давать интервью и коментарии в отечественные газеты и журналы? Если нет, то я уже практически созрела. Ирония судьбы заключается в том, что в
прошлый раз меня поддержала католическая церковь в неравной борьбе за дарвинизм, то в этот раз мне вторит Тимочко из Всеукраинской экологической лиги по вопросам необходимости маркировки ГМО.

(
Справка: Тимочко "намерена обратить внимание общественности на возможные угрозы, которые несут в себе продукты, содержащие ГМО, для здоровья людей и окружающей среды").

Но, по-порядку. Как
я уже писала, в Украине кабмин ограничил ввоз ГМО-продукции. По этому поводу наметился определенный резонанс в прессе и ко мне с вопросами обратилась журналистка, которой дали задание написать статью. Я наверное чуть позже отдельно напишу вопросы и ответы, может кому будет интересно, хотя в общем-то ничего нового я там не сказала. Обо всем этом я писала раньше.

Основной посыл заключался в том, что "законодательная база о маркировании ГМО должна идти в ногу с полным и качественным информированием потребителя о преимуществах и недостатках ГМО.  Иначе маркировка сама по себе непременно станет средством манипулирования в недобросовестной рекламе." Тем более, что согласно результатам опросов, которые приводятся в статье, 90 % украинцев считают ГМО опасными для здоровья. (А меня еще недавно убеждали, что потребитель в своей массе
не является тупым).

Дальше разбор полетов под катом с
эпиграфом

нельзя, получа легкое журнальное образование, судить о таких предметах…

Н.В. Гоголь

Журналистка подошла к редакционному заданию на первый взгляд вполне независимо, почти как воспитанники
американской школы журналистики, которым кажется, что достаточно набросать в статью разных точек зрения, а читатель сам сделает выводы. Но тут журналистов поджидает ловушка, потому что они считают, что все мнения равнозначны по весу. Я не буду приводить всю статью, остановлюсь на спорных моментах. Желающие могут скачать статью в формате пдф
тут (Внизу кнопочка Download document in original format).

Я не сильно удивилась, когда журналистка попросила меня прокоментировать результаты
Ермаковой с крысами, которые кормились ГМО соей, они у всех на слуху. Я честно взяла и рассказала мнение мировых экспертов об этой работе. Тут важен нюанс – мне трудно придумать более серьезное научное мнение, чем опубликованное в
Nature Biotechnology. Можно не соглашаться с моим приватным мнением, но игнорировать такой весомый аргумент, как мнение мировых ведущих экспертов в этой области, выглядит совсем неразумно. Однако в статье "Корреспондента" опыты Ермаковой подаются без минимальной ремарки на этот счет. Итак, шумы Ермаковой очередной раз умножились и опять ни слова про сомнительность экспериментов. Делай выводы, читатель.

Еще один эксперт, мнение которого приводится – начальник лаборатории анализа ГМО Укрметртестстандарта Голубца. Из этого учреждения не раз выходили весьма спорные утверждения касательно ГМО и в этот раз они точно такие же. Теперь внимание, цитирую: "По данным Укрметртестстандарта, более 40 % отечественных продуктов содержат ГМО. В 70-80 % случаев используется трансгенная соя. Менее популярны модифицированные томаты, кукуруза, рис, свекла, пшеница."

Читатель, ты веришь? Сам разберешься или рассказать? Там в статье, правда, есть статистика по всем официально допущенным и выращиваемым ГМО культурам во всем мире: это соя, хлопок, кукуруза, рапс, значительно меньше сахарная свекла. Так вот, читатель, обрати внимание, что там нет ни пшеницы, ни риса, ни томатов. То есть я могу себе представить, что если ГМО где-то допущен к культивированию и его импортируют (легально или нелегально), но как обьяснить тот факт, что лаборатория Укрмедтестстандарта запросто находит ГМО в продуктах, которые нигде не культивируются? И если лаборатория действительно их обнаружила, тогда этот вопрос уже в компетенции международной безопасности. Был один прецендент, когда обнаружили нелегальный ГМО рис, был большой всемирный скандал. Даже если предположить, что
FlavrSavr томаты, которые давно исчезли со всех рынков вмире, но уворованы нашими дачниками на приусадебные участки, то все-равно странно считать, что они регулярно появляются у нас на прилавках. А что касается трансгенной пшеницы, то насегодня она не выращивается нигде в мире, кроме опытных полей.

Вот мне интересно, как это выглядит? Принесли закупщики импортированные томаты на анализ, посмотрел Голубец на результаты ПЦР и говорит – трансген! А закупщик, он то не знает сам, верит. Думает вот черт, вляпался. Чешет затылок и готов заплатить.

Опять таки, начальник Голубец даже словом не обмолвился о трансгенном рапсе. Определять не умеют? А что они еще умеют определять? Цитирую: "Еще лаборатория исследует наличие в продуктах многочисленных химических добавок, известных каждому покупателю по букве Е на этикетках, — красителей, эмульгаторов, уплотнителей, которыми не злоупотребляет только ленивый производитель и пагубное влияние коих на здоровье уже давно доказано." Покупатель, знай, что Е-300 это аскорбиновая кислота, а Е-330 это лимонная кислота, Е-406 агар. Но пагубное влияние коих на здоровье еще под большим вопросом.

Кстати, для информации. Самый полный перечень растительной ГМО продукции, научных статей и законодальных актов различных стран
находится здесь.

В статье речь идет о реестре пищевых продуктов, содержащих ГМО. С этим много носится вышеупомянутая Тимочко. Весьма странный документ должен получиться, если я правильно поняла. Ну напишут, что пельмени марки какая-то там, содержит ГМО. А если завтра производитель закупит не ГМО сою для пельменей, что делать с реестром? Еще что касается экспертного мнения, то вскользь упомянут (цитирую) "Ярослав Блюм, директор Института пищевой биотехнологии и геномики, сторонник ГМО, уверен, что реестр ситуацию не изменит, а лишь даст возможность государственным органам зарабатывать дополнительные деньги благодаря созданию лабораторий." Вот дописала журналистка на всякий случай, что Блюм, сторонник ГМО, а что это академик – забыла дописать. И что Ярослав Блюм насегодня самый сильный специалист в Украине касательно ГМО, тоже журналистка наверное не знает, иначе отнеслась бы к его мнению более взвешено.

Меня вообще смущает, что журналистская братия норовит разделить всех на сторонников и противников ГМО. Особенно ученых. И старается подключить к войнушке потребителей. Чего стоит вынесенная отдельно цитата начальника Голубца: в вопросе о безопасности ГМО ученые еще долго будут ломать копья. Любой вменяемый читатель подумает: ах, ну если ученые еще не определились, то я, пожалуй, точно лучше воздержусь. Однако ученые не копья ломают, а оценивают риски, которые есть, как у любого достижения цивилизации. И уже много об этом знают, больше, чем кажется начальнику из Укрметртестстандарта.

В общем по факту прочтения статьи я не поняла, какие выводы можно сделать вообще, а ведь тема важная и актуальная. Необходим действительно серьезный диалог между учеными, производителями продуктов и потребителями. И тут, как ни странно, в авангарде этого движения на стороне ученых оказалась… католическая церковь.

Как-то прошел совершенно незамеченным анонс научно-практической встречи, запланированной на средину мая в Ватикане “
Трансгенные Растения для Обеспечения Продовольственной Безопасности в Контексте Развития” via
user_mz Я посмотрела программу и вам советую. Буквально два слова: Противодействие сельскохозяйственной биотехнологии является, как правило, чисто идеологическим. Огромный потенциал “растительной” биотехнологии в производсте большего объёма более питательной пищи будет бесцельно потерян, если не изменить принципы её регулирования с “экстремальной предосторожности” на “научно-обоснованные”. Изменение отношения общества, включая процесс регулирования, является чрезвычайно важной задачей, если мы хотим сохранить технологию и её возможности приносить добро как в развивающихся, так и в промышленно развитых странах." То есть уже и церковь, которая обычно плетеся в хвосте научно-технического прогресса, и та понимает проблемы.

Массовое появление ГМО риса, пшеницы и других культур вопрос ближайшего будущего. В такой ситуации 90% недоверия потребителей на совести журналистики.

Математики и статистики, help!

Обрабатываю результаты, совершенно не соображаю, как мне посчитать достоверность хотя бы приблизительно. Случай нетривиальный, требуется помощь зала в подсчете дельтадельтаСт в qRT-PCR.

Под кат смотреть тем, кто считает себя хорошим математиком и может дать совет. Остальным будет
неинтересно.

1. Итак,
прибор фиксирует определенное значение. Оно означает, что в момент фикисрования значения (цикла) количество продукта в реакции
удваивается. Значение называется Ст.

2. Эти значения колеблются от 18 до 30. То есть все, что я меряю, имеет значения в разумных пределах, например 20.2, 18.6, 27.1, 21.3 и так далее. Это установлено параметрами реакции. Одновременно фиксируется 200 таких значений. Одно из этих значений – контроль и равен он
21 (назовем его
ген К).

3. Дальше я пляшу от этого контроля и считаю
дельта Ст. Например, одно из 200сот значений, назовем его
ген А 22, 5, значит 22,5- 21= 1,5

4. Поскольку продукт удваивается, то эта разница означает, что у меня исходного продукта было 2,25 раз
меньше (таковы условия игры). То есть разница в дельта Ст в одну единицу означает удвоенную разницу в продукте по принципу геометрической прогрессии. Если дельта СТ равна 3, то соответственно разница в 9 и так далее.

5. Если одно из 200 значений меньше 21 (контроля), например, 20.3 (назовем его
ген Б), то у меня дельтаСт имеет
минусовое значение. 20.3-21=-0.7 Это для меня большого значения не имеет. Это говорит только о том, что у меня исходного продукта было в 0.49 раз
больше.

6. Этот контроль ген К у меня используется исключительно
для нормализации результатов. Потому что в следующем измерении я повторяю реакцию для 200 значения при
новых условиях. Контроль для нормализации остается прежним. Только вышеупомянутый
ген А при новых условиях показывает значение не 22.5, а скажем, 24.1. А
ген Б вместо 20.3 показывает 20.0.

7. Таким образом для гена А и Б я первым делом провожу нормализацию против контроля :

Сырые данные:

Эксперимент 1

ген А 22.5

ген Б 20.3

ген К 21.0

Эксперимент 2

ген А 24.1

ген Б 20.0

ген К 21.0


Нормализованные данные (дельта Ст):

Эксперимент 1

ген А 1.5

ген Б -0.7

Эксперимент 2

ген А 3.1

ген Б -1

8. Теперь я сравниваю дельта Ст для гена А и Б в разных экспериментах. Это называется дельта-дельта Ст.

Ген А 1.5-3.1= -1.6

Ген Б -0.7 +1 = 0.3

7. Как я выше уже сказала, изменение на одну единицу обозначает разницу в исходном продукте в два раза. Разницу я считаю как

Ratio = 2^-дельта дельта Ст. Итого,

Ген А =2^-(-1.6)=3.03

Ген Б =2^-(0.3)=0.8

8. До этого момент мне все ясно. Теперь начинается статистика. Я повторяю все измерения скажем дважды. Любой биолог, скажет, что с двумя повторами никакой статистики не сделаешь. Но тут есть нюансы. Метод достаточно надежный, с внутренним контролем (ген К), довольно чувствительный и дорогой. Я посмотрела публикации и вижу, что народ умудряется публиковать вообще с одним измерением без повтором. Валидируют один раз метод и больше валидирование не повторяют. Но я повторила это все дважды. Это мало для того, чтобы делать
ттест и считать
Р-value.

9. Поэтому максимум считают
coefficient of variation. И тут у меня
полный ступор. Если считать coefficient of variation для
трех сырых значений трех измерений скажем
гена М, например, 22.1 22.0 22.3 то у нас получается чудесное значение CV 0.56% . А если считать coefficient of variation для дельта СТ 1.10 1 1.3, то получается уже 11% !

Еще хуже, если значения для
гена С 21.1 21.0 21.3 то для сырых значений CV 0.59%, а для нормализованых против котроля значений 0.1 0 0.3 CV будет показывать безобразные 93%!!! А ведь реальная разница одна и та же.

10. Че делать?

11. UPD
Я не одна такая дура и это радует.
 12. UPD2.  Болельщикам и помощникам. Спасибо за ответы и советы и нужные вопросы. Я пока все еще не разобралась, как мне считать вариабельность, но наверное буду делать так, тем более есть на что ссылаться: "To analyse gene profiles between the
two biological replicates, a
one-way ANOVA (
P < 0.05), using Statistica software (Statsoft, Tulsa, OK), was performed on each TF. In order to calculate relative TF expression levels, the efficiency values of each amplification reaction were taken into account using
LinReg software.  Amplification reactions of efficiencies lower than 1.6 were considered as missing data. Differences in transcript abundance during seed developmental stages were also evaluated by a
one-way ANOVA test (
P < 0.05) and a
Student–Newman–Keuls test for each TFs using SAS software package (SAS Institute 1999). To compare expression profiles, expression values were adjusted by a normal distribution." Осталось узнать, чем отличается
one-way ANOVA от
two-way ANOVA, как это все отличается от банального ттеста и что такое
Student–Newman–Keuls test.