Астрономическое

1. Глупость,
астрономических масштабов : о том, как

блондинки
журналистки с астрономами поговорили и что из этого получилось.

Буквально одна выдержка:

"
Мужской голос за кадром: «В спектрах РОКОСов нет линий, поэтому нельзя определить расстояние до них и даже понять, расположены ли они внутри или вовне нашей Галактики. Предполагают, что именно такие маяки могли использовать внеземные цивилизации для связи: ведь такие объекты заведомо должны привлекать внимание из-за своей необычности в мире естественных астрономических объектов». Григорий Бескин, астрофизик."

Комментарий Григория Бескина корреспонденту «Газеты.Ru»:
Эта цитата была взята из моего интервью в 2005 году. Это абсолютно корректные слова, из которых они сделали полный ужас. Особенно учитывая общую направленность сюжета. И самое грустное. На прошлой неделе мне звонила эта женщина, Светлана Андрощук. Сказала, что у них серьезная аналитическая программа, что у нее два высших образования. Я ей объяснял, что у меня был грустный опыт взаимодействия с корреспондентами, что меня много раз (и подолгу) снимали, интервьюировали, я всерьез рассказывал о наших проблемах. Показывали же какие-то бессвязные кусочки разговоров и совершенно в других контекстах. Она меня просит: «Расскажите что-нибудь про артефакты». Я говорю: «Нет артефактов. Про науку можем говорить». Дал ей ссылку на нашу статью в Nature, говорю ей: «Вот наш результат, важный и интересный». Она просит: «А вы можете дать нам интервью по поводу маяков богов РОКОСов?» Я ей пишу и говорю: «Вот пример невежества, о котором мы с вами говорили». Она в ответ: «А может прокомментировать кто-то, кроме вас, кто находится в Москве?». Я ей ответил: «Нет, никто больше не может».

2. Дорогие друзья, у вас есть шанс без журналистских посредников виртуально постоять возле
настоящих астрономов, которые делают всамделишние открытия, вроде "В статье, которая будет опубликована в выпуске журнала "Nature" от 28 января 2010 года группа ученых, возглавляемая Жолтом Параги из института JIVE, представляет
первое в истории обнаружение релятивистского выброса из сверхновой типа Ic. Таким образом подтверждается связь таких сверхновых с гамма-всплесками — взрывами, которые превосходят по количеству выброшенной энергии подавляющее большинство явлений во Вселенной."

Соавтор этой работы Y. Pidopryhora из Joint Institute for VLBI in Europe (JIVE), он же
yuretz73 заманивает:
На русском языке по поводу этого проекта можно обращаться ко мне (через ЖЖ, в личку или по емэйлу в профиле, о телефонной или скайп-связи можно дополнительно договориться)

(от себя:
Ох, Юрий. Если на пороге заявится сладкая парочка Светлана Андрощук и Анна Прохорова, гоните их в шею).

Для первого приближения понимания о чем, собственно, речь, советую почитать в той же газете ру интересную популярную статью
Потерянный гамма-всплеск.

3. Кстати, в первой ссылке о журналистском бреде есть и хорошее. Старший научный сотрудник ГАИШ МГУ Сергей Попов, он же (надо же!!!)
sergepolar, в комментарии пишет: "А что касается телевизионных передач, то, кроме программы
«Прогресс» с Пятого канала, мне назвать некого."

Хорошие новости от
asena, Прогресс жив. К вашему вниманию
выпуск "Аутизм, технологии для работы в Шаббат, лазерное шоу".

Advertisements

Еще пару ссылок…

…и все, иду работать. Комментировать не буду, сильно занята.

1. Вот поверьте мне на слово, в растительной генетике нет истории более очаровательной. Каждый раз, когда находится какая-либо закономерная связь между генами и внешними фенотипическими проявлениями, это всегда интересно. Вот как с менделевским горохом. Но эта история еще интереснее. Как оказалось развитие цветка (во-всяком случае у арабидопсиса) регулируется совершенно определенными генами. Причем не просто так регулируется, а очень хитро. Эти гены цветочной архитектуры взаимодействуют между собой согласно четкому плану, который назвали АВС – модель.

Я не могла обойти эту модель, когда писала вики-статью об
арабидопсисе (раздел Развитие цветка). И вот везуха, в журнале
chieffa этой теме посвящен
отдельный пост с картинками.
chieffa сам специалист в этих генах, надеюсь он постепенно втянется и напишет об этом много интересного.

2. На сайте британской академии наук The Royal Society есть отдельно
страница архивов. Сейчас там выложили скан мемуаров 1752 года William Stukeley об Исааке Ньютоне, но кроме них есть древние фолианты ботаников и палеонтологов и вообще. Сделано это все на славу. Убедительная иллюзия перелистывания документов. Просто красиво, рекомендую.

3. Чуть не пропустила.
Противовирусный иммунитет для чайников в картинках от 
uncle_doc  и 
tanchik  Всем смотреть!

Смешно

Хотя не знаю, смеяться или плакать. В предыдущем посте я дала
ссылку, которую, конечно, все поленились открыть.

Там все очень правильно написано, хотя сильно споткнулась об одну фразу и набила себе шишку. Посудите сами:

"Массовое генетическое тестирование населения страны послужило бы основой
для улучшения генофонда Украины и демографической ситуации".

Существуют ли на ваш взгляд этически приемлемые трактовки этого утверждения? Да-да, про генофонд.

Интересные ссылки.

1. От
nature_wonder о том, как Рамачандран попал под раздачу. Кто такой Рамачандран
nature_wonder показывал
раньше. Можете посмотреть еще о нем
здесь. Это перевод из
Edge, о котором я уже всем плешь проела.

Стоит заглянуть к
nature_wonder и узнать, кто там на Рамачандрана наехал и почему.

2. Это принципиально, потому что вот такие потом выходят из своих уютных бложиков и начинают писать журналистские статьи. Вроде и старая история, но поучительная, о том, как "
Генетики провели исследование. Журналисты из «Коммерсант-Власть» о нём написали. Переврали всё, что можно. Редкий случай: сами учёные комментируют эту статью и показывают, что, где и как переврали журналюги. "

3. И, наконец, начало научного года в Украине ознаменовалось
торжественным открытием Государственного межведомственного центра

нано био инфо
инновационных биотехнологий.

Казалось бы, наконец-то, свершилось. Но тут важность, к бабке не ходи, весьма сомнительная. Ну как бы вам на пальцах объяснить? В Украине есть два-три научных учреждения, где общий научный уровень биотехнологии хоть какой-то, есть еще пару со спорадическими неплохими работами совместно с западом. Так вот, Институт ветеринарной медицины, на базе которого открыли этот инновационный центр, в этот список не входит. У академика
Анатолия Завирюхи, который был заведующим лабораторией бактериологии Института ветеринарной медицины, а теперь, надо полагать, возглавит центр, есть ноу-хау. А как же? Противораковое наше все (называется Leukozav), которое, правда в в зарубежных научных журналах не упомянуто ни разу, и, судя по всему, клинических испытаний не прошло. А прикол в том, что Завирюха считает, что лейкоз это меньше рак, больше вирусное заболевание. По этому поводу хороший и сильный ученый-молекулярщик, директор института молекулярной биологии и генетики НАНУ академик Анна Ельская
сокрушается.

Про геномы

С большим удивлением обнаружила сегодня в новостях ликование про полное секвенирование генома сои. Думаю, что за фигня – месяца три как последовательности открыты и в свободном доступе для всех жаждущих, а может и раньше, чем три месяца, но раньше мне дела до них не было. Я уже успела натягать оттуда нужных мне сиквенсов и докторант даже гены по ним наклонировал. А теперь оказывается это в Нейчер наконец опубликовали. Ну что ж, вполне логичный ход событий: сначала последовательности, потом научная публикация, потом ликование в прессе.

Но бывает и по-другому. Тут мне в комментариях
подсказывают,
намедни секвенировали россиянина (в прошлом году было это намедни). Вроде дело было в РНЦ «Курчатовский институт» в центре конвергентных нано-био-инфо-когнитивных (НБИК) наук и технологий. Так вот, поулюлюкали эти нано-био-инфо, а статьи научной нет, как нет и доступа до геномных последовательностей. Селяви.

Про Менделевский горох

Помните эксперименты Грегора Менделя с горохом? Ну, там горох гладкий и морщинистый. В учебниках картинка еще была, помните? Менделю еще тогда очень повезло, что он случайно взялся наблюдать наследование признаков, которые оказались
моногенные. Моногенные – это значит один ген – один признак. Есть и
полигенное наследование, это когда один признак – много генов. Если бы он на такой полигенный признак попал, неизвесто еще где бы была современная генетика. Но вот везуха, Мендель взял горох морщинистый, понаблюдал и вывел законы наследования. Было это в 1865 году.

А вот если кому интересно, что теперь генетике и молекулярной биологии известно о том гене, который делает семена гороха морщинистыми – тому

Аллель "морщинистого" гена в 1917 обозначили маленькой буквой r (rugosus), и генотип записывался как
rr (две аллели). Гладкий горох обозначали аллелью с прописной буквы R и генотип его следовательно был
RR или
Rr.

Гороховое семя запасает три основных вида веществ: белки, жиры и углеводы. Углеводы в виде крахмальных гранул, белки в виде белковых тел и жиры, которых совсем немного. Уже в 1903 году семена рассмотрели под микроскопом и обнаружили, что у морщинистых семян изменена структура крахмальных гранул. У нормальных гладких семян крахмальные гранулы были большими, а у морщинистого – маленькие и помятые какие-то. Интерес к менделевскому гороху возобновился в 80х годах, померяли биохимический состав семян и обнаружили, что морщинистое семя содержит больше жиров и меньше запасных белков, кроме того, количество свободных моно – и дисахаров было тоже повышенным. Самые большие подозрения все-таки пали на крахмально-сахарный метаболизм. И в 1990 определили, какой именно ген был мутировавшим в менделевском горохе. А был это
starch-branching enzyme, фермент, который катализирует присоединение свободных сахаров к растущей крахмальной цепи.

Поэтому и крахмал там запасался плохо, а свободный сахар болтался в семенных клетках. Это важно! Потому что свободный сахар способствует повышенному осмотическому давлению – клетки удерживают много воды. А когда они созревают и подсыхают, вода уходит и семя сморщивается. Вот почему морщинистое!

Да, так как же ген смутировал? Ген starch-branching enzyme
выделили и прочитали его нуклеотидную последовательность и сравнили с такой же у нормального гладкого гороха. Обнаружилось, что в ген естественным образом "прыгнул" мобильный элемент генома
транспозон и сдвинул рамку считывания неподалеку от начала старта синтеза белка. Таким образом ген не то, чтобы выключился, а поломалась его функция. Все остальные наблюдаемые эффекты в изменении композиции семян – это уже вторичные проявления, которые нарастают как снежный ком по мере развития семени. Свободный сахар действует как сигнал для запасания более энергоемких соединений вроде жиров. Потому и жиров больше.

Откуда взялся такой горох у Менделя? Это вопрос к селекционерам. Как раз в 1800 годах появилась мода на эти сорта гороха, незрелые семена которых были слаще, благодаря свободному сахару, который не использовался в крахмальном синтезе.

Про Аватар.

Все посмотрели уже Аватар? Понравилось? А теперь смотрите сюда и слушайте. Если дело пойдет и дальше так, то фиг вы получите не только клонированных инопланетян, но и людишек даже в ближайшие тыщу лет!

Приблизительно в 2001 году у нас в группе стартовал проект по визуализации развития ячменного семени. Идея заключалась в том, чтобы накрошить семя на тонкие срезы, все заснять и сложить с помощью информатиков в
3D модель. Это программа-минимум. Программа-максимум заключалась в том, чтобы сделать точный анатомический атлас семени и интегрировать в модель места работы определенных генов. Лет пять бодались, получилась убогая картинка, которая не обогатила человечество знаниями ни на йоту. Вот такая.

Взяли на проект нового цитолога и новых информатиков, дали им лазер для нарезки. Накрошили и собрали модель чуток получше. Но показать вам ее я не могу, потому что биологи поссорились с информатиками по поводу на каком сервере вывешивать картинки – у нас в институте, или у них в недружественном университете. Пока не решат, человечество так и не узнает, что там в ячменном семени внутри. Впрочем, ничего нового там тоже не нашли, просто красиво. Я видела.

UPD: оказалось, что самые красивые картинки

ньювасюковцы
Pattern Recognition Group выложила у нас на
сайте: Projects=>Automatic Generation of 3-D and 4-D Models. Выглядит
душераздирающе.

Теперь касательно реализации программы-максимум про те гены, которые там работают. Я там каким-то боком, поэтому расскажу, меня прет. Вырезали лазером ткани очень махонькие из этих срезов. Выделили из них РНК и загибридизовали на ячменный чип на котором 43 тысячи генов. Звучит наверное очень красиво и удивительно. Но пока все интеллектуальные силы информатиков брошены на конструирование 3D-эффектов Аватаров, я тут обливаюсь горючими слезами. Я уже вижу, какие генные последовательности включились в этом гребаном семени, я головой и ручками в Экселе посчитала. Но как только я решила посмотреть, что именно это за гены, то тут (цензоред) меня ждало жестокое разочарование. Потому что из всех 43 тыщ генов автоматически определены едва 5%. А остальное 95% неидентифицированное нечто по 60 нуклеотидов длинной. И вот уже вторую неделю я терзаю всемирное биоинформатическое комьюнити в надежде, что может какая биоинформатическая сволочь их когда-то где-то определила, иначе все эти чипы (цензоред)коту под хвост. Мне "пшеничные" спецы смеются гомерически в лицо, потому что у них дела обстоят еще хуже, у них и этой информации нету.

А в это время, в Германии финансирование немецкого кинематографа больше, чем финансирование науки. А бюджет одного голливудского Аватара будет поболе финансирования всей мировой биоинформатики. Поняли? Так что клонированные аватары в ближайшем будущем только в кино.