Праздничная подборка веселых научных публикаций.

1. В 1978 году в журнале
Journal of Experimental Medicine вышла
статья Polly Matzinger в соавторстве с Galadriel Mirkwood. Galadriel Mirkwood это песик афганская борзая. Эдитор журнала забанила Polly Matzinger навсегда. Фото собачки можно посмотреть
здесь.

2. Андрей Гейм, который свежий Нобелевский лауреат, в соавторы вписал
коллегу H.A.M.S. ter Tisha.

3. В 1972 году в журнале
Immunology вышла статья “
The effects of ALG on the murine immune response to sheep erythrocytes” . Последним автором числится Joe Zebra. Автор статьи утверждал, что даже указал место проживания зебры South Africa, но журнал
Immunology по глупости этого не указал.

4. Еще один смешной пример, когда
Сидней Бреннер написал в статье, которую направил в Royal Society of London, в тексте указал: “Leonardo da Vinci (personal communication).” Когда редактор на это пожаловался, Бреннер невозмутимо заявил "Это новый итальянский постдок в моей лаборатории".

5. Отличная статья в стихах Joseph F. Bunnett and Francis J. Kearley (1971).
Comparative mobility of halogens in reactions of dihalobenzenes with potassium amide in ammonia.
Journal of Organic Chemistry 36(1): 184-186.

Отрывок из поэмы:

Reactions of potassium amide

With halobenzenes in ammonia

Via benzyne intermediates occur

Bergstrom and associates did report,

Based on two-component competition runs,

Bromobenzene the fastest to react,

By iodobenzene closely followed,

The chloro compound lagging far behind,

And fluorobenzene to be quite inert

At reflux (-33°).

6. Еще одна отличная

опера
статья HM Shapiro (1977)
Fluorescent dyes for differential counts by flow cytometry: does histochemistry tell us much more than cell geometry?
J Histochem Cytochem, 25(8): 976-89.

В ней кроме стихов еще есть
и ноты.

Blood cells are classified by cell and nuclear shape and size

And texture, and affinity for different types of dyes,

And almost all of these parameters can quickly be

Precisely measured by techniques of flow cytometry.

It’s hard to fix a cell suspension rapidly and stain

With several fluorochromes, and this procedure, while it plain-

Ly furnishes the data which one needs to classify,

May fade away, and newer, simpler, methods never dye.

7. С художествами немного посложней, но есть примеры. S
IDNEY L. TAMM and SIGNHILD TAMM Development of macrociliary cells in Beroe II. Formation of macrocilia . На график рисунка номер 13 вскарабкался кинг-конг.

8. В статье
Y Lazebnik 2002 Cancer Cell 2 (September): 179–182 . Can a biologist fix a radio?  в качестве иллюстрации использовал изображение старого советского приемника Океан.

9.
Еще много научно поэзии тут.

10. Есть знаменитая публикация 48-го года Альфера, Бете и Гамова, к которой Бете (известный физик, как и остальные два) не имел никакого отношения.
Это была очередная проделка Гамова: как рассказывается в уже упоминавшейся статье его учеников, Гамов с загадочным видом вписал имя Бете в уже готовый текст с пометкой "in absentia" ("в отсутствие" – лат.), которая при дальнейшей обработке в редакции почему-то пропала.

11.
Уточка в протеасомном мусоре.

2010

По сравнению с
прошлым годом, этот был особенно трудным.

Работа:

1. Три статьи, две из них в Plant Journal, одна в Journal of experimental botany:

Development of maternal seed tissue in barley is mediated by regulated cell expansion and cell disintegration and coordinated with endosperm growth.

Abscisic acid deficiency of developing pea embryos achieved by immunomodulation attenuates developmental phase transition and storage metabolism.

Hybrid embryos of Vicia faba develop enhanced sink strength, which is established during early development

Неплохо. Я довольна.

2. Как и прошлый год, весь этот год занималась преимущественно геномикой.

К ячменю и гороху присоединился рапс и каракана.

Мой любимый многообещающий гороховый ген демонстрирует все более интересные качества. Но пока все еще рано про него говорить вслух, чтоб не сглазить. Да-да, я суеверная. Пойду сейчас в теплицу и пропою трансгенному горохус поломанным геном песню про елочку и пожелаю ему отличного Рождества.

Массмедиа:

Поскольку работа поглощала меня с головой, этот год был скорее неудачным, чем удачным.

1. Не сложилось с полным переездом блога на
Вордпресс.

2. Не сложилось с плодотворным блогом на
Снобе.

Я планировала немного качественнее там писать, а на это катастрофически не хватает времени.

3. Зависло также в воздухе предложение
uncle_doc для замечательного журнала
ABC

4. Как и зависло обещание для
lenka_iz_hij написать для "Химии и жизни". Мне за этот факт
особенно неудобно. Но история с нашими протестантами разрушителями полей все еще не закончилась. Может у меня все еще есть шанс?

5. Тем не менее, сложилось с "Троицким вариантом. Наука". Там было
про ГМО и хомячков. Если меня не прогонят в шею, то будет еще про ГМО и бабочек. Уже написала, жду рецензию.

6. Также получилось написать комментарий в "Популярную механику"
про профессии будущего.

7.
На эту новость следует обратить особое внимание. Мы этого долго ждали и этот момент наступил! Теперь охотникам за научными блоговыми новостями вовсе не обязательно серфить по всему рунету.
Игорь Топильский создал агрегатор научных блогов рунета
http://cmass.ru/ . Сейчас сайт работает в тестовом режиме, уже появилась модерация постов – ну чтобы наряду с серьезными вещами не попадались фото кошечек и

подушек
. За новость спасибо
sciencewriter.

Теперь еще один бонус. Па-ба-ба-баам! Сайт включен
http://scienceblogging.com/ (в самом низу, последний). Это тоже агрегатор научных блогов, но с приставкой мега – там идет лента вообщех научных блогов на планете на всех языках – проект главного редактора Research Blogging Дейва Мангера и Боры Живковича.

В связи с этим, впредь мой кот Монтесума, подушки, цветулечки и карате уйдут под замок для друзей и близких кролика. Уж простите.

8. Редакция STRF.ru проводит беспрецедентную акцию – составляет
рейтинг научных блогов на русском языке. Как оказалось, я там тоже в списке. Говорят, что будет голосование с нового года (вроде) до 28 февраля 2011 года. Я не уверена, что заслужила дополнительное внимание, поэтому призывать голосовать за меня не стану. Но это точно повод интересующимя посмотреть на список и, возможно, найти для себя новый интересный блог для чтения. Или номинировать новый. Еще есть время до конца года.

Друзья и события:

1. В этом году мне опять дважды удалось отведать Родины, летом и осенью. Летом мы всей семьей сделали отличное погружение в среду и совершили вылазку в город атомщиков Кузнецовск, расположенный вокруг Ровенской АЭС. Я многого ожидала, но то, что я увидела, меня сильно потрясло. До этого я видела его депрессивным и мерзким городишкой. На сей раз это оказался цветущий город-сад, причем цветет в эстетике развитого социализма, но именно как с открыток и книжных иллюстраций того времени. Ощущение путешествия в машине времени. Огромные проспекты с клумбами и тенистыми аллеями, умытые дворы с свежевыкрашенными детскими площадками, фонтаны и скверы, мороженщик на углу и мамы с колясками. Местные жители утверждают, что все у них хорошо.

Поездка осенью была очень знаковой. Мне до сих пор тепло об этом вспоминать. У меня появилась очаровательная крестница Магдалена и кума
pani_grunia. Спасибо вам и пусть у вас все будет хорошо. Мысленно с вами.

2. Прочитала кучу хороших книжек. Открытие этого года безусловно Кутзее.

Исключительно качественный репертуар литературной продукции поставляет мне по дружбе с оказией киевский интернет-магазин
Предмет. Остаюсь и впредь преданным клиентом, а остальным могу только порекомендовать.

Счастье года – Хиршхаузен. Я считаю, что это звезды подсуетились, иначе как объяснить тот факт, что именно в тот момент, когда я взахлеб писала про Хиршхаузена,
на русском переводе едва досыхала типографская краска. Сразу после блоговой заметки мне написало издательство Эксмо и в благодарность за невольный пиар предложило мне книжечку в подарок. Мы договорились, что разыграем книжку как приз в ЖЖ, как только я придумаю заковыристую задачку. Ждите анонса.

3. Съездили семьей в отпуск на немецкий остров Рюген. Отлично съездили. Хочу еще!

4. В этом году окончательно вернулась в лоно каратэ и

сразу в бой

сдала экзамен на 4й кю, а также заманила меньшего ребенка на тренировки. Так мне и надо!

5. Семье спасибо за просто так.

6. Друзьям спасибо, что вы есть.

7. Я очень хочу, чтобы в следующем году было еще лучше. Всем хорошего Нового Года!

Традиционно: TOP10 научных открытий года по версии Science в переводе и изложении
priehali
лежит здесь.

Просто красивая новость про апомиксис.

Недaвно коллеги докладывались, мне ужасно понравилось. Просто на глазах разворачивается история древних молекулярных событий. Захватывает неимоверно.

В природе есть интересное явление апомиксис. Это размножение без оплодотворения. Ну вы помните, пестики, тычинки, пыльца, пчелы. При апомиксисе формирование зародыша стартует из материнской клетки. Никакого

папы
пыльника не надо. Интересной моделью служит зверобой.

Зверобой есть нормальный, который обычно оплодотворяется и апомиксисный. В его геноме что-то произошло, что пыльца стала ненужным артефактом, тем не менее семена отлично формируются. Генетики долго с ним возились. Определили, наконец, геномный локус. Назвали его HAPPY ( от слова

счастье
Hypericum APOSPORY). Прочитали даже этот локус. Там куча всяких генов, не генов и непонятно генов ли или псевдогенов. Даже роль определенных в нем генов и то, под вопросом, но что характерно.

Сравнили этот локус у нормального зверобоя и у апомиксисного, чтобы сравнить, что там такое произошло, что привело к весьма девственному размножению. Оказалось, что этот локус когда-то в дремучей древности подвергся зверской бомбардировке мобильными элементами – транспозонами. Он выглядит как поле брани, нашпигован этими транспозонами, как снарядами. Просто какой-то метеоритный дождь. Почему так произошло, непонятно, но оказалось весьма полезным приспособлением.

Исследования продолжаются, а кому интересно, предварительные результаты можно посмотреть здесь.
Свежая публикация.

Напоминаю, что у человека миллион мобильных элементов, которые только и ждут подходящий момент, чтобы побомбить чего. Мужики, смотрите в оба!

Новости с полей

Bayer CropScience kauft Weizenzuchtprogramme in der Ukraine

(Bayer CropScience купил украинские селекционные программы пшеницы).

Видите сколько ссылок?

Поскольку в Украинских новостях такого почему-то не показывают, восполняю пробел.

Bayerр CropScience приобрел (сегодня приобрел) селекционные программы пшеницы украинских компаний SORT и EUROSORT, расположеных в Мироновке недалеко от столицы Киев. В рамках этого соглашения Bayer CropScience получил доступ к выдающимся линиям пшеницы с отличной зимостойкостью и засухоустойчивостью. Bayer CropScience уже организовал программы селекции пшеницы на территории известного института в Мироновке. Финансовые условия сделки не разглашаются.

"Пшеница является одним из основных культур Bayer CropScience", сказал Хартмут ван Lengerich, который отвечает за бизнес-стратегии компании по зерновым культурам, рапсе и сахарной свеклы. "В рамках наших инвестиционных планов, мы инвестируем значительные средства в исследования и повышения урожайности пшеницы. Приобретение этого материала значительно повысит наши возможности селекции пшеницы ", сказал ван Lengerich.

У меня вопрос:

Насколько я знаю, селекционные программы в Мироновке проводились на государственные средства, следовательно, сорта, полученные в результате такой селекции, являются государственными. Correct me if I am wrong. SORT и EUROSORT, очевидно, приватизировал (каким-то образом) сорта (или линии) перед продажей. Компании SORT и EUROSORT своего представительства в Интернете не имеют (или я их не нашла). Очень интересно было бы знать, что за компании такие и кто их владелец. И что именно продали. За сколько – даже не интересно.

Предполагаю, что уже через несколько лет Bayer CropScience, в результате удачной слекции улучшит линии и выгодно продаст отличный семенной материал украинским производителям зерна.

UPD. Товариство з обмеженою відповідальністю Селекційно-насінницький центр "Євросорт" 41854, с. Жовтневе, вул.Володимирська, 1, Білопільський р-н, Сумська обл., Україна

Власник сорту м"якої пшениці "Аншлаг"

Приватне підприємство "Сорт" 08853, П/в Центральне, Миронівкий р-н, Київська обл., Україна

Власник сорту м"якої пшениці "Ажурная"

Не моя война, но в стороне стоять не могу

Год назад на немецкой церемонии посвящение сына во взрослые, уполномоченный представитель от власти сказал: дорогие дети, теперь вы, когда становитесь взрослыми, должны знать одну вещь. У вас, кроме появившихся обязанностей, остается главное право:

Если вы столкнулись с несправедливостью, то, у вас есть право выйти на баррикады и стать на ту сторону, где по вашему мнению, эта справделивость есть, даже если эта сторона баррикады по другую сторону от власти и силы, то есть от нас.

Вот так сказал. Каждый раз, когда меня нервируют новости о протестах (глупых, на мой взгляд), когда очередные гринписовцы блокируют вывоз радиоактивного мусора (на сей раз немецкие активисты блокируют захоронение радиоактивных отходов из научных учреждений) я вспоминаю это напутствие и еще раз напоминаю себе, что это неотъемлемое право гражданина в свободной стране, которое гарантирует шанс на сохранение справделивости.

Это все предисловие. Теперь новость via
sergepolar

Алексей Крушельницкий – к.ф.-м.н., с.н.с. Казанского института биохимии и биофизики РАН выступил с
серией разоблачений коррупционных схем при закупках научного оборудования – ему перекрывают канал научного сотрудничества с коллегами в Европе. Вот что он пишет:

http://www.scientific.ru/dforum/scilife/1292316470

Я не знаю, как поддержать, кроме просто перепостить и предать огласке. От себя: тут многие советуют Алексею бросить все и уезжать в Европу. А я вот что скажу. Уезжать стоит в одном случае – если совсем нечего терять. Если можно повоевать, то стоит еще побороться. Опять таки, приобретенные боевые навыки здорово пригодятся и в Европе. Я бы даже сказала, очень сильно пригодятся, возможно даже больше, чем принято считать.

Отличная статья

(
brother2 посвящается)

Боян, но все еще актуально, как никогда.

В 2000 году в Journal of Systems and Software Volume 54, Issue 1, Page 1 опубликована статья авторства R. L. Glass

A letter from the frustrated author of a journal paper.

Начинается она

Dear Sir, Madame, or Other:

Enclosed is our latest version of Ms. #1996-02-22-RRRRR, that is the re-re-re-revised revision of our paper. Choke on it. We have again rewritten the entire manuscript from start to finish. We even changed the g-d-running head! Hopefully, we have suffered enough now to satisfy even you and the bloodthirsty reviewers.

А продолжается вот как

I shall skip the usual point-by-point description of every single change we made in response to the critiques. After all, it is fairly clear that your anonymous reviewers are less interested in the details of scientific procedure than in working out their personality problems and sexual frustrations by seeking some kind of demented glee in the sadistic and arbitrary exercise of tyrannical power over hapless authors like ourselves who happen to fall into their clutches. We do understand that, in view of the misanthropic psychopaths you have on your editorial board, you need to keep sending them papers, for if they were not reviewing manuscripts they would probably be out mugging little old ladies or clubbing baby seals to death. Still, from this batch of reviewers, C was clearly the most hostile, and we request that you not ask him to review this revision. Indeed, we have mailed letter bombs to four or five people we suspected of being reviewer C, so if you send the manuscript back to them, the review process could be unduly delayed.

Доступ к полной версии статьи требует подписки, но добрые люди выложили эту нетленку для всех желающих.
Инджой ит.

Антитела и растения.

Давно собиралась рассказать, да руки не доходили.

В организме человека специальными клетками В-лимфоцитами синтезируются специальные белки иммунологлобулины или антитела. Они плавают в сыворотке крови или присутствуют на мембране других клеток иммунной системы. Особенность этих белков в том, что они могут специфически связываться с чужеродными веществами – антигенами. Таким образом иммунная система распознает чужака. Свойство прочного связывания антител с антигеном само по себе замечательный факт и давно под прицелом биотехнологов, поскольку именно это свойство можно как-то приспособить для чего-то
полезного.

Кроме того, виртуально этих антител можно наработать почти бесконечное количество вариантов. Точнее в организме одного человека может существовать до 10
8 вариантов антител. Теперь смотрите, если иммуноглобулин белок, то он кодируется геном, который можно извлечь и куда-нибудь потом встроить. Тут вопрос – откуда у нас столько генов, если вариантов иммуноглобулинов бесконечное множество? Геном большой, но не резиновый.

Так вот, когда В-лимфоциты распознают какой-то антиген своими рецепторами, это служит сигналом к их пролиферации (делению). Мы помним, что при делении удваивается и ДНК. Так вот, локус (участок) ДНК, который кодирует рецепторы на В-лимфоцитах, подвергается при этом гиперактивному мутагенезу, частота которого в 10
5-10
6 раз выше, чем нормальный геномный мутагенез в других соматических клетках. Таким образом, сейчас вы узнаете два замечательных факта: в различных клетках одного и того же человеческого тела геномы не идентичны, процесс мутагенеза в нашем дорогом теле – это нормальная ситуация.

Теперь практический вопрос – как нам эти гены достать, чтобы получить потом белок, способный хватать заданную молекулу. Для этого
берут донорскую кровь (лучше всего микс всяких разных), выделяют из нее В-лимфоциты. Из В-лимфоцитов выделяют РНК (среди всей РНК есть те, которые кодируют иммуноглобулины). С помощью РНК-зависимой ДНК-полимеразы переписывают эту РНК обратно в ДНК. Кому не понятно, тот открывает Стругацких «За миллиард лет до конца света», там про РНК-зависимую ДНК-полимеразу
все написано. Затем эту ДНК вшивают в фаги, которые такие хитрые (вот знаете, пишу сейчас и у самой дух захватывает, ну догадался ж кто-то), что могут быть то фагами, то плазмидами. И весь этот компот встраивают в бактерии кишечной палочки.

На выходе у нас смесь бактериальных клеток, которые или плавают в жидкой среде, или высеваются на твердую среду, при этом каждая отдельная бактериальная клетка несет плазмиду, в которой записан какой-то из генов иммуноглобулина. Много бактерий и много разных генов иммуноглобулинов. 10
8 вариантов. Это называется фаговая библиотека. Теперь мы эти гены поймали, сохранили, можем размножить и использовать для своих нужд.

Например, мне надо ген иммуноглобулина, который способен специфически хватать субстанцию Х. Я беру эту субстанцию (упускаю технические детали) и идентифицирую именно ту бактерию, которая содержит нужный мне ген. Тепер все. Ген у меня в руках. Я его могу из бактерии достать и встроить, например, в растение.

Зачем, мне спрашивается, такой ген в растении? А вот зачем. Растение вырабатывает гормон, роль которого не ясна. Я встраиваю в растение антитела, которые хватают этот гормон и не дают ему нормально работать. Чтобы совсем хитро было, я еще цепляю к гену специальный сигнал, чтобы антитело попало в правильный компартмент клетки –эндоплазматический ретикулум и созрело как следует. Ну и еще я знаю, что гормон, который я собираюсь ухватить, синтезируется в семенах. Поэтому я к гену цепляю кнопку-промотор, чтобы атитела синтезировалось тоже в семенах. Получается дефицит гормона в семенах. Оно чахнет и хиреет. А я смотрю, что у него конкретно поломалось. Например, наблюдаю во времени работу около шести тыщ генов, а также анализирую во времени изменение биохимических показателей.
И складываю этот паззл воедино.

Для чего еще можно приспособить эти антитела? Можно предположить такой сценарий: Наработать, например, в салате антитела против вируса СПИДа. Человек съел салат, антитела встретились с вирусом в организме человека и нейтрализовали вирус.
Вот что из этого получилось.

Это все звучит просто, на самом деле все запутано. Я поменяла кнопку-промотор на более эффективную, теперь у меня эти антитела нарабатываются как сумасшедшие. Я ожидала, что теперь там дефицит гормона огого! А получила линии гороха, которые вместо того, чтобы демонстрировать дефицит, синтезируют этого гормона раз в сто больше, чем ожидалось. И, судя по всему, антитела уже задолбались его хватать. То есть гормона явно больше, чем антител. Чтобы разобраться, как хитрое растение обходит мои генные манипуляции, пойду дособираю урожай.