Пра палитеку

Пра немецкую палитеку. Я понимаю, вам не до этого, у вас свои выборы на носу. Это просто штрих к общей картине.

Свежую

говно
статью
про ГМО и Cry токсины помните? Так вот, на прошлой неделе в нашем местном парламенте прения были. Зеленые притащили опять законопроект о полном и безоговорочном запрете ГМО на территории нашей Земли. Кому охота поупражняться в немецком,
тыц сюда. Там по ссылке видео минут на 17.

Я дослушала до конца, хотя меня плющило и коробило. Неизученные риски. Все. Запретить. Это сотни исследований – неизученные риски?!! Ну и чтобы вы не сомневались, опять прозвучали Новые Последние Исследования, которые вы понимаете какие?

Внимание, в Земле есть три крупнейших центра генетики культурных растений и

сорняков
арабидопсиса – институт, еще один институт и университет. Во всех занимаются фундаментальными исследованиями растений на трансгенных моделях. ( В одном из учреждений работаю я). И вопрос из зала в конце видео : так что, согласно этому закону, финансировать фундаментальные исследования в этих центрах больше не предполагается? (А немецкая наука финансируется преимущественно из земельных бюджетов). Зеленая депутатша что-то невнятно мямлит о дефиците бюджета, пожимает плечами и покидает трибуну.

Тут надо еще не забывать, что из нашей Земли буквально
недавно собрал манатки и свалил в Америку агробиотех филиал BASF. Зеленые, видимо, воодушевились победой и решили закрепить успех законодательно. Впрочем, депутатшу зафукали и проект прокатили.

Но задумайтесь только о масштабах. Одна свежая

говно
статья о Cry токсинах в руках политика теоретически может поспособствовать перекрытию финансирование трем крупным научным центрам. Причем тут Монсанта? М? Короче, я хочу сказать, что ученье – свет, а BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN – тьма.

Advertisements

Новые страшные результаты про ГМО

Надо написать, а то все-равно рано или поздно будут тыкать мне этой статьей под носом и требовать объяснений. А у меня, хопа!, уже и мнение готово.

Я сейчас напишу мега нейтрально. Хотя бы
постараюсь.

Значит так,

на горизонте появилась
недавно опубликована
новая свежая статья в реферируемом журнале о том, что

ГМО убивают
токсичны для человеческих клеток.

Исследовалось влияние токсического Bt пестицида на человеческие клетки. Bt пестицид это белки Cry1Ab и Cry1Ac, гены которых извлечены из бактерии и встроены в кукурузу (которую продает Монсанта). За одно проверили и влияние гербицида Раундап, который тоже Монсанто. Обнаружили, что влияет!

Иду смотрю, кто автор. Вау. Сералини. Кто забыл, кто такой Сералини, то напоминаю

Сералини раз,

Сералини два.

Ну так вот, исследования проведены французской независимой организацией
CRIIGEN, где Сералини президент ученого совета. Независимую организацию профинансировал независимый немецкий фонд
GEKKO, который помимо финансирования независимых исследований вреда ГМО, также финансирует политические кампании против ГМО (так написано у них на сайте).

Смотрим оригинал статьи. Кто хочет, идет читает сам. Вот еще нашла
для тех, у кого нет подписки.

Взяли белок Cry1. Это было бы слишком просто, но где его взять? Чтобы его получить, взяли одну бациллу, вырезали из нее гены и встроили их в бактерии Е.coli. Таким образом наработали белок в бактериях. Но белок выпал в осадок, именно с этими белками такое случается. То есть в бактериях из этого белка сформировались нерастворимые в обычном буфере кристаллы. Тут белковик обычно говорит – фак.

Потому что теперь надо из этих телец извлекать белок зверскими методами. Денатурировать, ренатурировать, порезать протеазами и отделить хроматографически от других белков. Дело житейсткое, бывает. Но хотелось бы посмотреть на форез белка и на его активность, после всех этих пертурбаций. Вместо этого в статье указано, кто выделял один из белков и предлагается серфинг по ссылкам (Сделано так, как указано в публикации NN). Если походить по ссылкам, окажется, что в следующей опять ссылка на следующую статью, а по другой – патент. На самом деле, постепенно можно дойти до древнего исходника, где действительно описана методика выделения токсина, но не рекомбинантного, а нативного, не из еколи, а из бациллы. Записывайте факт, что в этой конкретной свежей статье нет экспериментальных доказательств о качестве полученного токсина. Предлагается поверить на слово, что они повторили чужую методику и у них по идее должно получится все точно также.

Допустим, что у них белок действительно получился активный и токсичный. Добавили его к культуре клеток человека. Не в человека, а на чашку Петри.

Токсический белок для эксперимента сначала разводили в буфере (pH 9.5), а затем в среде для клеток.

Судя по материалам и методам, для контроля не добавляли вообще ничего:" The control cells grow normally in serum-free medium up to 96 h". Но в результатах пишут: " First of all, we confirmed that the buffer was not cytototoxic for the cells". Прикольно слушать, но результатов, подтверждающих, что буфер не демонстрирует цитотоксичности, не предоставлено.

Стало быть поверим на слово, что эффект от парочки лишних анионов незначительный. Как померять, что клетки загибаются от токсина? Для этого меряют маркерные энзимы, которыеменяют активность в

последние моменты жизни
при первых признаках недомогания клетки, например, сукцинатдегидрогеназу.

Смотрите, какой эффект! Вау.

Обратите внимание на уловку усилить эффект графика А. По оси Y у нас %. Ось урезана так, чтобы было видно только отрезок между 90 и 100%. Статистически достоверная разница присутствует только при самой высокой концентрации. И это разница между Cry1Ab и Cry1Aс. Причем эффект Cry1Ab при гомеопатическом разведении 0.001 ppm примерно такой как и при 10 ppm и только немногим отличается от 100 ppm. Контроля там вообще нету, если кто успел заметить. Что за проценты активности? По отношению к чему? Проницаемость мембран тоже меряли (график Б), но результат такой же.

Справка: 1 ppm равно 0,0001 %

100 ppm равно 0,01 %

Не могу сказать, что эти результаты меня убедили, но допустим, что да, при концентрации токсина 100 ppm клетки на чашке Петри начинают немножко хуже себя ощущать.

Для сравнения, физиологическая концентрация в трансгенных растениях (1- 20 ppm), Особи, которые наелись ГМО, вроде демонстрируют в крови 0.2 ppb

Справка: 1 ppb равно 0,0000001 %

0.2 ppb равно 0,00000002 %

Там еще и раундап рассматривается, но у меня уже нет сил это видеть.

Вывод: если верить на слово, что выделенный токсин вообще работает (а проверить можно было на личинках насекомых) и если верить на слово, что авторы делали контроль, который нам почему-то не показали, то можно предположить, что в условиях инвитро на клетках почек при концентрация токсина 0,01 % уменьшается активность сукцинатдегидрогеназы на 10%, что, возможно, может служить маркером клеточного недомогания (хотя я не знаю, какое именно изменение активности может считаться отклонением от физиологической нормы). При этом, вероятная концентрация в крови токсина может составлять 0,00000002 %. Разница как бы на 7 порядков.

В выводах требуется еще больше всесторонних исследований. Доверчивый читатель подумает, это хорошо, что такая прозрачность. Циник подумает, такая прозрачность потребует немножко денежек налогоплательщиков, с другой стороны ученым надо тоже на что-то жить. Но и доверчивый читатель и циник ошибаются, если думают, что эта статья предназначена ученым, чтобы инициировать новые исследования безопасности. Эти все хитрые графички с обрезанной осью, замена величин измерений на ppm, это для чего? Просто потому, что 100 ppm выглядит интуитивно больше, чем 0,01 %, верно? И заверена священным грифом "published after peer review process", что легитимизует ее в глазах неискушенной публики.
Эта статья предназначена политикам, чтобы инициировать запрет.

Авторы рвут на груди рубаху, дескать, на самом деле это модель и вовсе не следует, что настоящая ГМО кукуруза токсична.

НО! Еще не высохла типографская краска на Токсиколоджи Ризерч, а уже
позавчера Франция подала в Брюссель новую заявку на ЗАПРЕТ трансгенной кукурузы. И, вуаля!, эта заявка содержит ссылку на Самые Новые Научные исследования.

Немецкие тру-токсикологи
негодуэ, но кого уже сейчас этого интересует.

Селяви.

Правила Чаргаффа

Был такой
Чаргафф. Вот именно он подготовил почву для открытия Уотсона и Крика.

Он посчитал, что количество азотистых оснований имеет определенную закономерность. А именно количество

аденина равно количеству тимина, а гуанина — цитозину (%A = %T and %G = %C). С открытием структуры ДНК, стало ясно почему так: в двуцепочечной ДНК азотистые основания соединяются по принципу комплементарности. Напоминаю, как…

ATC GAT AGA TAC AGA

TAG CTA TCT ATG TCT

В процентном соотношении количество GC пар может не соответствовать количеству АТ, но (еще раз) количество аденинов (А), будет равно количеству тиминов (Т), а количество гуанинов (Г) будет равно цитозинам (Ц). До этого момента ясно.

Как только досеквенировали полные геномы, обнаружилось вот что. Па-ба-ба-бам. Эта закономерность также справедлива для одноцепочечной ДНК. Приблизительно вот так.

ATATCAGTGCTTAA

Как видим, у наст тут A -5 штук, T – 5 штук, G -2 штуки, C-2 штуки.

Этак закономерность называется Chargaff Parity Rule 2. Врочем, это справедливо не для такого маленького отрезка, а когда мы весь геном учтем. И это правило не работает для вирусных геномов, а также геномов митохондрий и хлоропластов.

Биологическая причина такой закономерности не ясна. Ищут сейчас. Возможно ее и нету вовсе. Иногда мы можем искать смысл там, где его нет. Напомню известную коллекцию с буквами алфавита на крыльях бабочек.

Впрочем, это не исключает того факта, что русскоязычную википедийную
статью не мешало бы дополнить. За одно поправить опечатку:

"До работ группы Чаргаффа господствовала так называемая «тетрануклеотидная» теория, согласно которой ДНК состоит из повторяющихся
белков по четыре разных азотистых основания".

UPD: У известного нам
galicarnax есть более интересные и более подробные посты на эту тему (жаль, не объединены общим тегом) —
раз,
два и
три.

Замечательная история

Мне везет на интересных людей. Вот есть у меня такой славный приятель, одессит, аквалангист и классный электрофизиолог из Лондона
shao_s. Вот сходил он однажды с удочкой на рыбалку
и…

"Пару лет назад, сидя в камышах в низовьях Днестра и распивая алкоголь с бывшим однокурсником, я без задней мысли спросил что-то вроде “И как оно там щас ваще, на Змеином?” С этого началась история, которая закончилась только недавно: ихтиологической статьёй в журнале Marine Biodiversity, где я, электрофизиолог, – corresponding author.

Сама статья
здесь, а то, что я хотел по этому поводу написать в блог, взяли на сайт “
Станиславский натуралист“. Если кто не читает по-украински – Гугл переводит более-менее пристойно. Говорю сразу: запятые в тексте – это не только мои, это ещё редакция сайта досыпала :о)"

Вот так и получился электрофизиолог- ихтиолог.

Настаиваю, что теперь пора Серегу отправить с лукошком за грибами и с сачком за бабочками. Узнаем много нового.

О научной карьере

Будет длинно и

Начало.

Даже с самого начала пропущу кусок жизненьки, когда занесла меня нелегкая в Германию. Поскольку сеять и жать я не умею (вру, конечно, я и коня могу на скаку и крестиком), то научилась я ДНК выделять и стала докторантом. В Германии есть два основных докторантских пути. Первый – теплицы для докторантов, колледжи. Выделяется бабло, набираются студенты, выдаются им темы, назначаются занятия и вперед, к титулу. Их лелеют пару лет, а после защиты выбрасываются на мороз голыми. Не знаю, как у них потом складывается, но это вариант для фармацевтов, например, чтобы посолиднее выглядела фамилия на вывеске в аптеке.

Второй путь: какого- нить шефа прет научными идеями, он пишет заявку в фонд на финансирование, обычно года на три. Ему дают денюжку, чтобы взять себе

раба
докторанта. Докторант – это пол-ставки. Шеф вывешивает позицию в людном месте, к нему валят заявки, он отбирает себе подходящего, вручает тему и все дела.

Тут для докторанта есть западня, но он о ней еще не догадывается. Во-первых, идея научная она чужая для докторанта. Во-вторых, она может быть гнилой изначально. Ну и шеф, он может быть гений в науке и деспот по жизни, может быть так себе в науке и лапочка по жизни, может быть так себе в науке и деспот по жизни (доктораны потом считают, что это единственно возможная комбинация). Может быть также и гений в науке и лапочка по жизни, но такая комбинация лично мне не встречалась. Эти особенности потом имеют значение, но сначала у докторанта пол-ставки, ненормированный рабочий день примерно 28 часов в сутки и светлая мечта заполучить титул к фамилии.

Обычно жизненные планы дальше вершины под названием "Защита" не просматриваются. Да и, откровенно говоря, покорение этой вершины само по себе настолько выматывает, что кажется, что сразу за ней расположены ворота в рай. А на самом деле, сразу после этого только все и начинается.

Ну защитился я и….


Сначала напиться.
Потом пройтись хороводом, грудь колесом перед другими докторантами, которые еще не. Тем временем шеф, который или деспот, или лапочка, взял твои результаты (которые ух, какие интересные и многообещающие) и написал в фонд заявку на продолжение банкета. Еще на три года, но уже пост-док.

Вы спросите, а почему это не вы сами написали заявку в фонд? В потому что вы еще зеленый докторант и у вас нет постдоковского опыта – это раз. Во-вторых, заявку могут подавать те, у кого есть постоянное место работы. Но вы этих нюансов еще не знаете. Главное, у вас есть посдоковские денюжки, а это в два раза больше. И у вас нет геморроя, что по окончанию проекта вам надо кровь из носу защититься. Три года после защиты – золотое постдоковское время. Беззаботный постдок еще не знает, что он теряет время, которое по немецким законам как шагреневая кожа.

Шагреневая кожа карьерного роста.

Значит так, немецкий закон о вышей школе отводит на карьерный рост в науке 12 лет. Это означает, что за 12 лет вы должны стать профессором. А если не хочу? А вот никого не интересует. Или профессором, или досвидания. До защиты 6 лет, после защиты 6 лет. Как только приняли предварительную версию закона пару лет назад, из Германии потянулись вереницы "престарелых" потсдоков в Штаты. Потому что профессорских ставок нет. Потом закон чуток послабили и старичкам разрешили оставаться в науке и дальше, но на временные проектные ставки.

Сейчас статистика гласит, что 80% научных ставок в Германии – временные. И тут пост-док, где-то через три года успешной работы на чужую идею вдруг осознает, что надо что-то срочно делать. Несмело впервые открывает сайты фондов и узнает, что фондов раз-два и обчелся. Финансируют они преимущественно большие программы, а подать на собственное финансирование можно, но в рамках до 6ти лет после защиты. А уже три годочка миновало. Осталось еще три, а потом легальные ворот с лязгом закрываются.

Че делать, че делать?

В этот момент постдок прозревает, что между защитой и собственной научной карьерой лежит пропасть. Чтобы подать на финансирование, надо иметь научную идею, гипотезу. Причем на момент подачи желательно, чтобы она уже была проверена и половина работы сделанной. И самое главное, это должна быть его СОБСТВЕННАЯ идея. А мы помним, что до сих пор он работал как наемный рабочий на шефа и вскапывал его научную делянку.

Тут уже зависит много от шефа. Если шеф гений, даже если сволочь, то у него этих идей завались, он просто отпочковывает доктора вместе с вскопанной делянкой. Так формируются научные империи. Если шефу самому надо результаты, он мило прощается с постдоком, благодарит за проделанную работу и пишет новый проект на докторанта или даже на двух. Если постдок не дурак, а шеф не деспот, то дает возможность помимо проектной деятельности заниматься хобби- потихоньку вскапывать свою собственную научную делянку в свободное от работы время.

Этим, собственно, я и занималась.

Копала, копала и вырыла алмазик.

Я вам честно признаюсь, я перестала дышать где-то на пол-года, пока насобирала пригорошню. Ну, думаю, вот оно, мое счастье. Иду к шефу, показываю. Он мне говорит – клево! давай я подам твою идею на финансирование…Я так няшно смотрю, глазюки растопыренные блестят и говорю, я уже взрослая, я сама хочу подать. Он пожимает плечами и говорит, что ему не жалко, только ж мне не дадут, потому что у меня нет постоянной ставки. Постоянной ставки? Не поняла. Бегу я на сайт фонда и нахожу маленькими буковками под звездочкой это условие. Вот так я впервые сталкиваюсь с жестокой действительностью.

Должен же быть какой-то выход? Выход здесь.

Звоню в фонд, спрашиваю, как же так, ничего не понимаю. У меня есть идея, но нет постоянной ставки. Мне отвечают, что для таких придурков-некарьеристов есть опция для самостоятельного научного стартапа. Там для молодых ученых такие классные условия. У меня есть 2 месяца до 6ти лет, чтобы считаться молодым ученым и вскочить в последний вагон.

Пишу проект. Нет, не так, ПИШУ ПРОЕКТ. (Тут должно быть три абзаца мучений, но я их упускаю). И подаю на финансирование лично моей идеи за месяц до окончания моего персонального карьерного дедлайна. Это было два года назад.

Теперь внимание. Рассмотрение заявки длится пол-года. Через 8 (восемь) месяцев приходит мне конвертик из фонда. Отказ.

Утерев слезы, узнаю наконец, как это все функционирует. Фонд – это такой карман бюджетных денег, который управляется бюрократическим клубом. Бюрократы при фонде сами как бы решения не принимают, а служат посредником между научным комьюнити и ученым, подающим заявку. Заявку с научной идеей отправляют к анонимным экспертам. Затем собирают неанонимный коллегиум из научной среды, который избирается раз на пять лет. И этот коллегиум рассматривает экспертные оценки и решает кого финансировать, а кому отклонить. Бюрократы как бы ни при чем, чисто бумажки переслать туда-сюда. И конвертики.

Читаю экспертные оценки. За одно узнаю, на что именно следует обратить внимание. Ибо, как писать проект и что именно оценивается – это сакральные знания, которым меня никто не учил. Четких критериев оценки не существует. Итак, сужу со своей колокольни – есть замечания по делу, а есть явные придирки не по делу. Ладно. Проглотила обиды, сделала выводы, кое-чему научилась. Теперь зато знаю, как писать проекты.

Что же делать дальше?

Звоню в фонд и спрашиваю, уже все-все совсем все с моим персональным дедлайном? Отвечают, что есть еще в одном месте мелкими буковками под звездочкой, что если я первый раз успела подать до дедлайна, то даже если отклонили, то все-равно теперь есть опция "можно подать еще раз" и даже не раз. ОК.

За это время у меня поднакопились новые результаты и я решила подать заново, переписав акценты и добавив новенького. ПИШУ ПРОЕКТ намбер ту. Отправляю.

Проходит пол-года. Приходит мне конвертик из фонда. Открываю. Отказ. Читаю отзывы экспертов. Ни одного замечания, одни похвальбы. Вру, один из экспертов отметил, что я мало запросила денег и рекомендует фонду поднять бюджет на треть. А почему отказ? Читаю заключение неанонимного коллегиума. Вот пишу, чтобы вы знали, как оно в жизни бывает. Коллегиум считает, что им показалось, что это идея моего шефа, раз я с ним до сих пор работаю. А раз так, то пусть шеф и подает заявку. А я настолько зрелая и опытная, что они рекомендуют мне поискать работу на физическом удалении от шефа. Где- нибудь еще. Где? Ну, где- нибудь.

(Пропускаю приблизительно 4 абзаца самой глубокой ямы в моей жизни). Звоню в фонд. Говорю (вежливо), что я сейчас настолько полна решимости, что им стоит подумать, какие еще варианты могут быть.

В этот момент я узнала, что процедуры опротестования не существует в природе. Но они с радостью готовы получить от меня еще одну новую заявку, но ничего, разумеется, не обещают, не они решают.

ПИШУ ПРОЕКТ намбер три. (цензоред). Обнаглела настолько, что меняю только дату подачи. Иду к шефу и требую письмо с подписью и печатью, где он клянется мамой, что это исключительно моя идея и он тут вообще ни при чем. Иначе

пишу в спортлото и ЖЖ
иду к омбудсмену.

Да, прошло пять месяцев. Я уже писем ждать не стала. Звоню сегодня в фонд сама. Короче, все ОК. Официальной решение, правда, через месяц.

Заключение.

1. Вы спросите, а на что жить все эти два года долбления в стенку? Ото ж бо и воно. К счастью, с шефом мы отлично сработались и он за меня боролся. Все время отстегивал от других проектов деньги, там, где требовался мое участие.

2. Все это время я продолжала левой ногой полировать свои алмазики.

3. Помню, что когда отказали второй раз, мне казалось, что мне не хватит сил. Надо бороться, даже если кажется, что сил не хватает. Было очень плохо, потому что несправедливо. Очень несправедливо. Мне кажется, что даже сейчас я не переварила все это.

4. Есть другие пути в карьере? Есть. Они и в Германии называются личные знакомства.

5. Кто защитился, начинайте думать о карьере уже сейчас. Женщине с детьми делать карьеру сложнее.

6. Все-равно, это был прекрасный опыт. Теперь могу, наконец, спокойно заняться личным научным поиском. И то, на три года. Где-то через годик надо начинать бороться за продолжение. Но можно всегда плюнуть и опять кочевать по чужим проектам.

7. Те, кто не защитился, подумайте, надо ли оно вам.