Сборная солянка

1. Для
клеточных перепрограммистов нет ничего святого.
Из мочи выделили клетки и перепрограммировали их в нейрональные. Спрашиваете, что это за клетки в моче? Эпителиальные случаются. В этот раз использовали технологию из
серии 4, когда гены-факторы перепрограммирования не встраиваются в геном, а просто болтаются в цитоплазме, закодированные в эписомальном векторе. Эпителиальные клетки перерограммировались в плюрипотентную, которую посадили расти на коктейль, способствующий дифференциации в астроциты. Говорят, что эта уринотерапия (из комментов) при лечении, как его, Альцгеймера может пригодиться.

Вот еще успешный пример. Клетки
имунной системы перепрограммировали с помощью вируса почти СПИДа и вылечили лейкемию. Биг фарма, такие дела.

2. Редактор журнала Plant physiliology отобрал
статью генноинженерных лоббистов, которые рассуждают на тему "поломаем ли мы геном, нарушим ли мы его стабильность, если встроим туда какой левый ген и как это будет выглядить в сравнении с нормальной хорошей естественной селекцией". Это такой базовый обзор текущих представлений и знаний о геноме и того, что там происходит. Можно брать за основу лекции студентам. Вкратце – геном вообще очень пластичный, там постоянно что-то случайно мутирует, гомологично и негомологично рекомбинирует, перескакивает с места на место. Подискутировали даже
любимую пугалку анти ГМО борцов 35S промотор, у которого обнаружился потенциальный сайт рекомбинации. Таких потенциальных сайтов у нормальной хорошей пшеницы приблизительно миллион, а к хлопка 40 тысяч.

Если притягивать за уши аналогию, то она будет приблизительно такая (несколько утрирую): с неба валится камнепад огромными булыжниками, а мы стоим под ним и дискутируем, каков риск получить конъюктивит от попадания пылинки в глаз.

3. Годовой отчет успехов сельского
хозяйства Германии в картинках. К сожалению, на немецком, но если кто интересуется  темой (особенно некоторые директора агрохолдингов), то стоит переводить и читать. Текст простой, картинки ясные. Буквально несколько примеров.

В сельском хозяйстве прямо или опосредовано задействовано 11% всех трудящихся Германии.

Продуктивность сельского хозяйства за 20 лет возросла в два раза.

В 1900 году один фермер кормил четырех человек, в 1950 – 10 человек, в 2010 году -131 человек.

Потребление: в 1900 году на питание уходило половина доходов, а в 2010 – 14,7% (без учета деликатесов – 11,5%).

Экологически ориентированное хозяйство занимает 6,1% всех площадей. Из всех ЕС стран Германия стоит на третьем месте после Испании и Италии. Переход на экологическое земледелие выгодно только в одном случае – если продукты продавать намного дороже. Расходы на пестициды уменьшаются, возрастает в два раза стоимость персонала, на треть уменьшается добыча молока (я знаю, что не добыча, просто так смешнее), в два раза урожайность пшеницы (при этом стоимость этой же пшеницы вырастает в два раза). Мнения потребителей тщательно изучается и на первом месте стоит мнение потребителей, что это намного здоровее. Так что теперь под этим соусом и будем потреблять.

В отчете также обзор мировых сельхоз рынков по культурам, а также прогнозы импорта-экспорта в свете общей экономической ситуации. Что интересно, Россия – третий по значимости торговый партнер Европы после Китая, причем из России в Европу экспортируется на 90 миллиардов евро больше, чем импортируется туда.

Апд. И чтоб два раза не вставать.

4. Геномщики еще раз согласны с этнографами, что
цыгане родом из северозападной Индии, откуда они свалили полторы тысячи лет тому назад.

5. Зеленый чай со всех сторон хорош. Поверьте на слово.

6.
Земля ночью. Просто красивая картинка о том, кто будет за собой последним выключать свет.

7. Камчатский вулкан Плоский Толбачик с
космоса.

8. Британский food minister Owen Paterson
весь такой за ГМО. Уэльским борцам против ГМО будет против чего бороться.

Advertisements

Ухты!

Тайны Стивена Хокинга: интервью ведут дети.

Авторы
книг о приключениях мальчика Джорджа в космосе, астрофизик Стивен Хокинг и его дочь, писатель Люси Хокинг ответили на вопросы российских школьников (участников программы "
Школы Розового Жирафа"). Это Илья Колмановский во всем виноват
larkinvalley.

Выдержка

Арина Курашова, 8 лет:

А могло ли быть так, что миллиарды лет назад жизнь была, скажем, на Марсе и оттуда попала на Землю?

Мы думаем, что в прошлом на Марсе было теплее, чем сейчас, и влажность была выше. В настоящий момент марсоход NASA на Марсе выясняет, могли ли условия на этой планете в прошлом подходить для существования хотя бы простейших форм жизни. Этот марсоход, который носит имя «Кьюриосити» («Любопытство»), уже нашёл свидетельства того, что когда-то на Марсе была жидкая вода, а другие эксперименты показали, что под поверхностью планеты и на её полюсах и сейчас есть вода, но замёрзшая. Сейчас планета Марс – это холодная пустыня, и на её каменистой, изрытой кратерами поверхности нет никакой жизни. Но что если в прошлом всё было совсем по-другому? Что, если жизнь действительно зародилась на Марсе, а потом была перенесена на Землю? Солнечная система в самом начале была очень неспокойным местом, в ней то и дело происходили мощные столкновения, повсюду летали огромные камни. Возможно, что какой-то большой камень откололся от поверхности Марса, а Земля подхватила его – а вместе с ним и жизнь. Этот процесс – перенос жизни с планеты на планету – называется «панспермия». Если жизнь и вправду попала на Землю с Марса, значит, все мы марсиане. Но это, конечно же, не объясняет нам, откуда взялась жизнь на Марсе.

ПыСы: кстати,
марсианские хроники отслеживает
alien3

via
sergepolar

Вот, а вы говорите, образованию конец, блогосфера загибается.

Подведем итоги

1. Что не может не радовать – рунет отлично переварил крысиную историю Сералини и без моего скромного участия.

asena написала статью в Слон.
ГМО: нас пугают, а нам не страшно

Марина Аствацатурян
Шумно и гамно про крыс и ГМО

По слухам пишется еще статья, если выйдет, то повешу ссылку.

Была также потасовка на
science-freaks .

2. Оказалось также, что солидные медиа тоже не купились на жареное. Во-всяком случае не все, не сразу и не совсем. Например Forbes
Cancer In Rats: Real Scientists Deeply Unimpressed. Politics Not Science Perhaps?

3. Продолжаю мониторить прессу. После того, как первая волна истерического цунами спала, начался настоящий праздник. Встречаются интересные блоговые заметки.

Why I think the Seralini GM feeding trial is bogus

Was it the GMOs or the BPA that did in those rats?

…in which I blow a gasket and get very uppity about this GM-food study which appears to have everyone going nuts at the moment

Seralini anti-Monsanto study was so poorly conducted it harms the anti-GMO movement

Genetically modified corn and cancer – what does the evidence really say?

4. Анти-ГМО движение празднует
кризис в Брюсселе. Сералини заявляет о
давлении на него ГМО-лоббистов, при этом его статья
стала наиболее читаемой за все времена, среди всех открытых статей издательства Springer (хо-хо, вот кому это по-настоящему выгодно! ), обогнав несчастные гемодинамические параметры при интенсивной терапии септического шока.

5. Монсанта отписалась
официальным пресс-релизом, дескать, посмотрим на результаты поближе, а потом поговорим.

6. Интереснее всего реакция научного комьюнити. Нельзя сказать, что Real Scientists Deeply Unimpressed. Очень даже вполне себе импрессыд. В двух местах собирают подписи с просьбой взглянуть на сырые результаты.

Раз:
Urge Dr. Seralini to release data from studies on biotech corn with rats

Два:
Please release data from your biotech corn study.

Откровенно говоря, интереснее всего вопрос: чем все это закончится.

Про картинки

Помнится, как-то в старших классах я украсила реферат про партию изображением Ленина. Получился, он, честно скажем, не очень. Нечто дьявольское сквозило в светлом облике вождя. Учительница, глядя на это безобразие, побледнела и велела немедленно поменять титульный листок на что-то нейтральное: флаг там, серп и молот. И сказала, что Ленина не каждому художнику разрешено рисовать.

Я к тому, что веселая коллекция химической иконописи пополнилась новыми экспонатами. К воде,
которая сильно напоминает формальдегид и восьмилучевым
снежинкам в нейчур, добавилась
пестрая органика эмоций. Особенно досталось АТФу.

Как раз сегодня пришел свежий
Laborjournal, там рецензия на книжку –

раскраску

Bildatlas Genexpression von Fritz Höffeler. В целом отзыв положительный, но зануды все-равно прицепились к определению псведогена, который как бы без функции.
Сегодня мы знаем, что в какой закапелок генома не сунься, у него обязательно какая-то функция найдется. Я вообще картинки люблю, поэтому заинтересовалась. Оказывается, Fritz Höffeler
довольно известный иллюстратор всякой биологии.

Инструменты

В комментариях спросили, какие инструменты нынче растительные биологи юзают. Под катом краткий обзор инструментального набора начинающего
ботаника.

1. Excel и ncbi BLAST. No comments.

2.
DNASTAR. Программа для анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Есть другие, но мой личный выбор этой программы обусловлен исторически – у института есть лицензия, опять таки привычка. Я работаю с этой программой десять лет и почти все баги знаю. Причем на компьютере у меня две версии – одна древняя и одна самая последняя, но пользуюсь старой антикварной версией. В ней гораздо меньше ненужных мне функций. Программа состоит из целого ряда отдельных модулей, которые запускаются как отдельная программа, причем я пользуюсь только несколькими. Модули:

а) EditSeq (в новой версии SeqBuilder)- сохранение и первичный анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Переворачивание последовательностей прямое и комплементарное, трансляция в рамки считывания, голосовой диктант, поиск мотивов. Открывает файлы с раширением *.seq, *.txt, *.fasta и др, делает прямой запрос в известные базы данных по ID.

б) Megalign – сравнение нуклеотидных и аминокислотных последовательностей алгоритмами Clustal v, Clustal W, Jotun Hein, построение филогенетических деревьев. Есть баги, например древо на основе аминокислот тупо подписывает как нуклеотидную дистанцию. Причем баг сохранился, кажется, даже в новой версии. Экспорт картинок неудобный, картинки деревьев неэстетичные, но как рабочий инструмент для посмотреть, а не показать – очень удобный.

в) Seqman – сбивание отдельных нуклеотидных последовательностей в контиги, отрезание плазмидных векторов. Надо повозиться, чтобы разобраться, но инструмент незаменимый.

г) MapDraw – рисует плазмидные карты, но муторно. Пару раз нарисовала и плюнула. Однако приложение довольно удобно для поиска рестрикционных сайтов. Можно создать свою библиотеку ферментов, которые в холодильнике и "резать" только ими.

д) PrimerSelect – ясно из названия, что речь идет о выборе праймеров. Довольно дубовое приложение, но надежное. Я однажды потратила день, чтобы разобраться. С тех пор пробовала еще кучу программ, включая
он-лайн тул от NCBI, но все-равно осталась верной этому приложению, сосбенно если мне надо сто пар для qRT-PCR. Программа, кроме температуры отжига, количества ГЦ, показывает также шпильки, selfpriming и пр. Впрочем, лучшие праймеры выбираются все-равно на глаз. Экспортирую в Excel с помощью странного бага. Если один раз нажать Ctr-C, то праймер копируется в 5”-3” ориентации, а если дважды нажать Ctr-C, то реверсный праймер внезапно переворачивается в комплементарную цепь. Это чудесное свойство нигде не упоминается и в новой версии отсутствует.

е) Есть еще приложения, но я их не использую.

3. Если надо красивую картинку филогенетического родства, то использую
MEGA. Пользуюсь довольно редко, всех нюансов не знаю, но если надо, то обычно получается вполне симпатично. Как правило, перепроверяю деревья Megalign, для верности.

4. Анализ саузернов, нозернов и прочих радиоактивных картинок. Поскольку в работе phosphorimager fuji, то к нему прилагается
Aida image analyzer. Он же вполне подходит для визуализирования и первичного анализа спотов на array. Я ограничивалась только просмотром и сохранением изображений, а с аналитической фичей так и не разобралась, поскольку к тому моменту пользовалась
Array vision. Тоже неплохая штука, но если есть силы однажды убить неделю и настроить layout. Впрочем, программа утратила актуальность, когда я перешла с home-made macroarrays на коммерческие microarray.

Раньше, когда жизнь была проще, к phosphorimager прилагалась чудесная программа TINA. Это была чудо-программа, но прогресс рванул так, что вместо удобной маленькой програмушечки,
явился монстр, который может хоть мозг, хоть звезды рассматривать в 3Д. Ничего теперь в этой программе не смыслю, но может кому надо мозг сканировать.

5. Результаты биочипов анализирую чем придется. Есть парочка алгоритмов домашнего приготовления от местных биоинформатиков, которые работают по принципу" Тут читаем, тут не читаем, тут рыбу заворачиваем", которые юзаются в R. Добиваю обычно в Excel и кластеризую в
MultiExperiment Viewer. Это Free soft – удобный, понятный, эффективный и вообще, красота.

Его же использую и для визуализации результатов large scale qRT-PCR. Для qRT-PCR
SDS Applied biosystems. Для анализа PCR efficiency использую
LinRegPCR. Интерфейс вовсе не интуитивный, но если разобраться, то это довольно удобная программа.

Для поиска референтных генов для нормализации использую
geNORM. Упоминается здесь. Требуется программа раз-два в жизни, но как для такой задачи вполне подходящая.

6.
Genevestigator – сегодня без него, как без рук. Все экспрессионные анализы в одном месте. Если в работе появляется ген Х, то начинаю оттуда смотреть, где он работает.

7. Редкий ботаник сегодня пройдет мимо
MapMan. Самые, пожалуй, удобные карты и аннотация для анализа и интерпретации генной экспрессии. Красным – выключенные гены, синим – включенные.



Программа вроде бесплатная, но надо хотя бы зарегистрироваться для приличия.

8. Данные экспрессионных анализов прилежно складываю в
ArrayExpress. Это такая строительная площадка от EMBL. Ни разу мне не удалось отправить туда данные автоматически без активной переписки.

9. Что это я все о генах, да о генах. Я еще и растения меряю, то есть семена. Для этого у нас есть робот
Marvin

, the Paranoid Android
. Он смотрит своим глазом на семена, считает на изображении количество штук, размер и вес.

Еще о базах данных.

10.
РlantPAN – анализ растительных промоторных последовательностей тайванского университета. Раньше было много разных баз данных, но эта, кажется, самая полная и удобная. Собирает все необходимое из TRANSFAC, PLACE, JASPER и AGRIS.

11. Поскольку растительное комьюнити находится под прессом
диктатуры арабидопсисников, каждая база данных для анализа генов полезных культурных растений на вес золота. И она есть. У китайцев.
AgriGO. Отличный инструмент для аннотации, визуализации экспрессии генов культурных растений, а не каких-то сорняков.

12. База данных и браузеры по растительным геномам
PlantGDB. Ипользую редко, но использую.

13. Неплохой
GPI-anchor Predictor. Он почему-то не упоминается на
ExpasyTool. Зато там
есть другой, тоже ничего так. Для верности можно им тоже перепроверять. Но потом еще экспериментально неплохо бы проверить.

14. Несколько home-made баз и тулов.
Crop EST Database ,
MetaCrop (не уверена, что ссылка работает, поэтому еще можно
погуглить).

Другие инструменты: Пробирки, пипетки, носики к пипеткам, электрофорезный прибор, ступки, термос с жидким азотом, микроволновка, спектрофотометр, водяная баня, центрифуга, чашки петри, пинцет, скальпель, ПЦР-машина, ультафиолетовая лампа и стол, фотоаппарат, весы, холодильник, стерильный бокс, автоклав, горшки с землей.

UPDATE из комментариев и сама еще чего вспомнила.

1.
Bioconductor. Наборы статистических и других пакетов для R – все для биоинформатика. Базовый такой сайт.

2. BLAST2GO
http://blast2go.org/ – бласт, аннотация и даже анализ экспрессии в одном флаконе. Очень полезно для немодельных объектов, по которым своих баз нету.

3
BioEdit – для просмотра и редактирования выравниваний. Есть кое-какие встроенные функции для анализа (простенькие, типа трансляции), а ещё к ней прикручивается бласт, кластал и многое другое. Хроматограммы в ней смотреть тоже можно. 4.
CLC genomics workbench – мега-программа для анализа NGSных данных. Стоит дофига денег, но она того стоит.

5.
phytozome.org – много растительных геномов, включая неопубликованные.

6.
Reactome, a curated knowledgebase of plant biological pathways теперь арабидопсисный, но по поиску табак, кукуруза, соя, тополь и прочие полезные растения.

7.
iRefIndex protein interactions, кажется, что тянет отовсюду BIND, BioGRID, CORUM, DIP, HPRD, InnateDB, IntAct, MatrixDB, MINT, MPact, MPIDB, MPPI и OPHID. Растения представлены довольно достойно. 

8.
Pathway commons, не удивляйтесь, но в списке есть не только сорняки, но и ячмень, рис, табак и кукуруза. Внизу есть окно поиска по организмам.

Интересные ссылки

1. Вот какая ты,
красная пленка!

-магнитно-резонансный "срез"
говорящей головы. Я так полагаю, что голова кому-то что-то втирает с целью добиться следующего пункта

-магнитно-резонансный
"срез" секса (начиная с 1.38 минуты)

-и, как результат, магнитно-резонансный
"срез" рождения ребенка. заснято днями в берлинской клинике

на красную пленку

2. Смешное
How to Be The Lab Bastard от
mstislavl

3. Полемическое от
fregimus
однобокоэ о том, как влияет физический труд на свежем воздухе, «органическая» пища — растения, выращенные без химических удобрений и животные без антибиотиков-прикормок, дауншифтинг, и с ним отсутствие стресса гонки потребления, а также воздержание от курения табака и прочей флоры на продолжительность жизни.

4. Интересное.
kodak2004 подогнал две ссылочки, подробно не смотрела, но звучит интересно. Придумали генно-модифицированные бактерии, которые предупреждают образование рака в кишечнике.

http://ria.ru/science/20120613/672035422.html

http://www.pnas.org/content/109/26/10462.full

Каникулы

Я не пропала, у нас каникулы были. Тур по Германии – Голландии. Отведали

1. Археологический
парк Ксантен. Раскопки древнеримской колонии плюс музей. Интересно и детям, и взрослым. Музей отличный. За день все можно посмотреть и руками потрогать.

2. Останавливались в
Center Parcs Limburgse Pee. Условия так себе, но в стоимость входит билет на Флориаду, куда, собственно, мы и собирались.

3.
Флориада 2012 в Венло. Поскольку мы завсегдатаи таких мероприятий и не пропускаем садоводческие выставки ни земельного, ни общенемецкого масштабов, то уже всего насмотрелись. От интернациональной Флориады, которая проводится раз в 10 лет, ожидали вообще чего-то грандиозного. По факту могу сказать, что неплохо, но в ландшафтном дизайне немцы впереди планеты всей и даже обычная
БУГА, которая через год, поражает даже больше. Так что в следующем году в Гамбург на Бугу. Кто-то из Жжистов на
Флориаде был и писал, повторяться не буду.

4. Парк
аттракционов Efteling. Поскольку у нас ребеночек, то ему надо, кроме римлян и цветочков еще развлекух. Решили сходить на качели. Как обычно, такие парки хорошо, но только в межсезоньое. Поскольку каникулы из всей Европы только у нас, то в парке пусто и без очередей. Красота. Тема парка – сказочки. Совсем малышам тоже будет интересно. Рекомендую.

5.
Dutch Open Air Museum. Исторический музей под открытым небом. Отличный парк. Интересно и познавательно. И детям, и взрослым. Опять таки, за день все можно посмотреть и руками потрогать.

6. Нет, еще не все. Возвращаемся в Германию. Буквально на границе
парк развлечений Irrland. Отличная идея. Просто и со вкусом. Вместо каруселей – лабиринты из соломы, горки с ковриками из самолета Антонов, ангар с 200 тоннами кукурузы и трубами, чтобы строить кукурузный трубопровод, поросята и телята, лужи в песке и для родителей столики с грилями. По-моему, пару сотен столиков и грилей. В парке можно спокойно укатать целую ораву спиногрызов.

7. С горем пополам доехали до Майнца. Там виноградники. Туром по виноградникам с заходом в
винодельню на дегустацию завершаем короткие каникулы.

8. Целый день поливали дачу, а то у нас натуральная засуха. Умопомрачительно цветут ирисы. Разгребу все дела, покажу.