Сборная солянка

1. Для
клеточных перепрограммистов нет ничего святого.
Из мочи выделили клетки и перепрограммировали их в нейрональные. Спрашиваете, что это за клетки в моче? Эпителиальные случаются. В этот раз использовали технологию из
серии 4, когда гены-факторы перепрограммирования не встраиваются в геном, а просто болтаются в цитоплазме, закодированные в эписомальном векторе. Эпителиальные клетки перерограммировались в плюрипотентную, которую посадили расти на коктейль, способствующий дифференциации в астроциты. Говорят, что эта уринотерапия (из комментов) при лечении, как его, Альцгеймера может пригодиться.

Вот еще успешный пример. Клетки
имунной системы перепрограммировали с помощью вируса почти СПИДа и вылечили лейкемию. Биг фарма, такие дела.

2. Редактор журнала Plant physiliology отобрал
статью генноинженерных лоббистов, которые рассуждают на тему "поломаем ли мы геном, нарушим ли мы его стабильность, если встроим туда какой левый ген и как это будет выглядить в сравнении с нормальной хорошей естественной селекцией". Это такой базовый обзор текущих представлений и знаний о геноме и того, что там происходит. Можно брать за основу лекции студентам. Вкратце – геном вообще очень пластичный, там постоянно что-то случайно мутирует, гомологично и негомологично рекомбинирует, перескакивает с места на место. Подискутировали даже
любимую пугалку анти ГМО борцов 35S промотор, у которого обнаружился потенциальный сайт рекомбинации. Таких потенциальных сайтов у нормальной хорошей пшеницы приблизительно миллион, а к хлопка 40 тысяч.

Если притягивать за уши аналогию, то она будет приблизительно такая (несколько утрирую): с неба валится камнепад огромными булыжниками, а мы стоим под ним и дискутируем, каков риск получить конъюктивит от попадания пылинки в глаз.

3. Годовой отчет успехов сельского
хозяйства Германии в картинках. К сожалению, на немецком, но если кто интересуется  темой (особенно некоторые директора агрохолдингов), то стоит переводить и читать. Текст простой, картинки ясные. Буквально несколько примеров.

В сельском хозяйстве прямо или опосредовано задействовано 11% всех трудящихся Германии.

Продуктивность сельского хозяйства за 20 лет возросла в два раза.

В 1900 году один фермер кормил четырех человек, в 1950 – 10 человек, в 2010 году -131 человек.

Потребление: в 1900 году на питание уходило половина доходов, а в 2010 – 14,7% (без учета деликатесов – 11,5%).

Экологически ориентированное хозяйство занимает 6,1% всех площадей. Из всех ЕС стран Германия стоит на третьем месте после Испании и Италии. Переход на экологическое земледелие выгодно только в одном случае – если продукты продавать намного дороже. Расходы на пестициды уменьшаются, возрастает в два раза стоимость персонала, на треть уменьшается добыча молока (я знаю, что не добыча, просто так смешнее), в два раза урожайность пшеницы (при этом стоимость этой же пшеницы вырастает в два раза). Мнения потребителей тщательно изучается и на первом месте стоит мнение потребителей, что это намного здоровее. Так что теперь под этим соусом и будем потреблять.

В отчете также обзор мировых сельхоз рынков по культурам, а также прогнозы импорта-экспорта в свете общей экономической ситуации. Что интересно, Россия – третий по значимости торговый партнер Европы после Китая, причем из России в Европу экспортируется на 90 миллиардов евро больше, чем импортируется туда.

Апд. И чтоб два раза не вставать.

4. Геномщики еще раз согласны с этнографами, что
цыгане родом из северозападной Индии, откуда они свалили полторы тысячи лет тому назад.

5. Зеленый чай со всех сторон хорош. Поверьте на слово.

6.
Земля ночью. Просто красивая картинка о том, кто будет за собой последним выключать свет.

7. Камчатский вулкан Плоский Толбачик с
космоса.

8. Британский food minister Owen Paterson
весь такой за ГМО. Уэльским борцам против ГМО будет против чего бороться.

Advertisements

Оскара, простите, Нобеля дали за сериал…

Induced pluripotent stem (iPS) cells.

Серия 1. 2007 год Начало.

Серия 2. 2008 год. Не четыре надо гена, а два.

Серия 3. 2009 год. Да и эти гены можно потом удалить.

Серия 4. 2009 год. А можно и вовсе не встраивать.

Серия 5. 2009 год. Перепрограммировать в стволовую, а затем в эмбрион.

Серия 6.2011 Ну наконец-то. Клетку кожи в клетку сердечной мышцы.

Серия 7. 2011 Повалило. Добавили в репрограммирование микроРНК и обнаружили первые баги.

2012 – Нобелевская премия уходит Yamanaka и Gurdon, который пересаживал ядра в лягушачью икру в прошлом веке, чем подготовил почву для клонирования.

Некоторые пытливые читатели блога болели за Yamanaka еще
два года назад.

Здесь можно посмотреть весь сериал еще раз
в виде timeline.

Новости

1. Новость первая. Роспотребнадзор читает мой ЖЖ. Помнится
был у меня пост с финальным аккордом: Чтоб не есть страшное чужое ГМО, свое надоть делать.

Читатели принесли чудесные
ссылочки.

"Это все импортные продукты. А хотелось бы, чтобы эту нишу заполнили продукты, биотехнологии российского производства", – отметил начальник отдела Роспотребнадзора Геннадий Иванов.

2. Новость вторая, бурно празднуется сегодня, хотя прорыв скорее технологический, чем научный. Ученые из Вашингтонскаго университета
придумали просеквенировать геном плода, причем никаких эмбриональных жидкостей и сложных заборов материала не понадобилось. Взяли просто кровь беременной мамы и мазок изо рта папы. Готово.

Вы спросите,

причем тут папа
а где эмбрион? Объясняю, еще раньше обнаружилось, что в крови у мамы плавает ДНК ребеночка. Не клетки, а просто куски ДНК. Вроде до 13% доходит. Взяли, значит, кровь мамы и выделили всю ДНК (и мамину и ребеночка в кучу). Теперь вы должны спросить, причем тут папа. И мамина, и папина ДНК нужны, чтобы потом разобраться, которая ДНК у мамы в крови папина, то есть похожа на ребеночкину.

В сторону: беременные, знаете ли вы, что в вашей кровушке плавает половина ДНК точь точь как у супруга?

Все это взяли и просеквенировали, то есть прочитали. На этом работа биологов закончилась. Пришли биоинформатики, оба, кстати, Graduate Studentы


И собрали это все в кучу. При этом получилось увидеть около 36 свеженьких мутаций. Пока еще для этого метода надо глубокий тщательный сиквсенс материнского и отцовского геномов, но уже не надо никого колоть и резать.

А теперь займемся арифметикой!

Сова приложила ухо к груди Буратино.
— Пациент скорее мертв, чем жив, — прошептала она и отвернула
голову назад на сто восемьдесят градусов.
Жаба долго мяла влажной лапой Буратино. Раздумывая, глядела выпученными глазами сразу в разные стороны. Прошлепала большим ртом:
— Пациент скорее жив, чем мертв…
Народный лекарь Богомол сухими, как травинки, руками начал дотрагиваться до Буратино.
— Одно из двух, — прошелестел он, — или пациент жив, или он умер. Если он жив — он останется жив или он не останется жив. Если он мертв — его можно оживить или нельзя оживить.
— Шшшарлатанство, — сказала Сова, взмахнула мягкими крыльями и улетела на темный чердак
.

kondybas Задачку подогнал замечательную. Я немного переиначу, но суть останется та же.

Задачка 1. Известно о наличии редкого наследственного заболевания, которое встречается у 1го деревянного пациента на 10000 , то есть 0.01%. Консилиум врачей решил превентивно проскринировать кукольную популяцию, допустим, померять уровень целлюлазы. Известно, что 95% больных этим наследственным заболеванием демонстрируют повышенную активность целлюлазы. Добавлю еще, что и у 5% здоровых тоже наблюдается повышение. Допустим, у Буратино тест обнаружил такой эффект. Какова вероятность, что он болен?

Ответ:
0.19%

Задачка 2. Известно, что это заболевание наследственное, причем доминантное. У Буратино есть брат, который точно болен.

Посчитать вероятность, что дети унаследовали это заболевание от папы Карло.
Вероятность, что Буратино тоже унаследовал этот ген 50%. Вы решили проскринировать всех Буратиновых братьев, которых, допустим тысяча, тестом из задачки выше. Не забывайте, что наличие гена еще не гарантирует развитие болезни. Проскринировали и у Буратино нашли повышенную активность. Какова вероятность, что Буратино болен?

Ответ:
95%

Задачка 3. Мы ничего не знаем о происхождении Буратино и о его братьях. Но Буратино поташнивает, нос размягчился и опустился вниз и Сова, немного подумав, интуитивно предполагает, что где-то на 30% он скорее болен этим редким наследственным заболеванием, оттуда и симптомы. Делает тест на уровень целлюлазы, как в задачке 1 и он оказывается позитивный. Какова вероятность, что Буратино болен?

Ответ: 89%

Задачка 4. Мы опять знает отягощенную наследственность Буратино (50%) и делаем тест, хоть симптомов пока нет. Тест показывает настолько аномальный высокий уровень целлюлазы, который встречается у 99,5% точно больных. Какова вероятность, что Буратино болен?

Ответ: 99.5%

Вот вам ДНК

Неугомонный любознательный
neuraum находит в сети всякие занимательные штучки. Отвлекает от работы.

На этот раз: Видекурс "Выдели свою ДНК сам".

http://l.lj-toys.com/?auth_token=sessionless%3A1491292800%3Aembedcontent%3A13257115%2616%26%260%26youtube%26DaaRrR-ZHP4%3Ae6963a8a207fd6dfcbc565b9e908cbc1ecb51c66&source=youtube&vid=DaaRrR-ZHP4&moduleid=16&preview=0&journalid=13257115&noads=


Линк на Ютуб

Решила и я показать, вдруг действительно для кого-то будет откровением. Вообще-то в самом начале смешной комментарий был "why are u guys showing this? weveryone learns this in middle and hgihschool so wtf??" , что в общем-то правда. После чего последовала короткая дискуссия "Фейк или не фейк", некоторых стошнило, некоторые умилились, впрочем, теперь все ждут продолжения "cloning tutorial".

В любом случае вам пригодится метод
выделение стволовых клеток з плаценты в домашних условиях. У кого завалялась лишняя плацента в холодильнике, можете приступать.

Растительные микро РНК и еда.

В третий раз меня просят прокомментировать
вот эту статью в Cell Reserch. Четвертого раза ждать не буду, прокомментирую быстренько. Почему то считается, что там каким-то боком ГМО, ну хотя
бы косвенно

Вот тут есть эт
о в виде новости на русском, кому лень читать оригинал, а мне лень пересказывать. Но я перескажу грубыми мазками.

МикроРНК это такие РНК, которые считываются с ДНК, но никакого белка с них не синтезируется. Однако эти РНК узнают специфически другую РНК, с которой мог бы считаться белок, связываются с ней и все это потом режется в хлам. Таким образом, белок, который мог бы синтезироваться, не синтезируется. В растениях эти микроРНК регулируют синтез своих белков, но, как показали новые исследования, могут регулировать синтез белков у того, кто растение скушал. Караул, получается, что еда влияет на работу наших генов. О чем нам это все говорит? Внимание.

1. Первым делом предлагаю освежить
наши знания вот тут, особенно вторую половину. Ключевое предложение "Разворачивание генетической программы происходит во времени в виде комплексного взаимодействия генов между собой при тесном взаимодействии с окружающей средой."

2. Фактически ВСЕ сигналы из внешней среды, и еда в том числе, влияет на работу наших генов. Выпили мы, скажем, молока. Это куча всяких молекул, которые распознаются клетками желудочно – кишечного тракта. Включаются ГЕНЫ, например, ответственные за переваривание молочного сахара. Если ген какой- нить лактазы капут – у нас непереносимость молока. Съели шоколадку, в кровь попадает сахар и, если наблюдается его избыток, включается куча генов, которые обслуживают сохранение питательных веществ из шоколадки в виде целлюлита.

3. Более того, вы сейчас прочитали этот текст. Ваш мозг получил сигнал, который конвертируется в работу каких-то генов. Сначала в мозгу, а потом и во рту, когда у вас потекли слюньки на шоколадку. Это все обслуживается генами.

4. Эта регуляция происходит в виде иерархических каскадов самыми различными механизмами. Это и регуляция синтеза РНК, это и модификация РНК, это регуляция синтеза белков, это регуляция активности ферментов и т.д. и т.п.

5. В этом смысле микроРНК из еды это
один из видов молекулярного сигнала, который регулирует на
одном из уровней наши непростые взаимоотношения с едой. Вот его открыли и описали.

6. А почем это столько шума, если это
один из? А потому что такая регуляция показана впервые – это раз. А во-вторых, обратите внимание, какой именно ген регулирует эта растительная РНК? А это липопротеины низкой плотности.
Да-да, те, которые атеросклероз. Это жирная такая заявка на новые препараты против атеросклероза, ждите скоро на ваших прилавках. А ГМО тут вовсе ни при чем.

А знаете ли вы, что…

1. Один швейцарский исследователь Francis Schwarze из Swiss Federal Laboratories for Materials Testing and Research придумал обрабатывать древесину грибком. Грибок чуток разлагал клеточные стенки в древесине, истончая их. А швейцарский скрипочный мастер Michael Rohnheimer взял и сделал из такой древесины скрипку. Пригласили 180 экспертов и провели им слепую сравнительную демонстрацию звучания скрипки Страдивари "Chaconne" и биотехнологического продукта "Opus 58". 113 экспертов решили, что "Opus 58" это и есть Страдивари.

2. Уганда создала свой трансгенный банан. В него встроили ген HRAP из зеленого перца, чтобы защищать банан от бактериальной инфекции Xanthomonas. Патент тайванский. Первые полевые испытания продемонстрировали 100%-ю устойчивость, ждут результатов новых масштабных исследований. Другие исследования показывают, что внедрению болезне-резистентных ГМ-бананов будет еще противостоять политическая резистентность в Уганде. Это сообщение о том, что не все ГМО – Монсанта.

3. А монсанта купила фирмочку Sapphire
Биофьюел из водорослей. Но не для фьюела, а для быстрого тестирования важных для растительного селького хозяйства генов. Теперь дело по захвату генов пойдет быстрее.

4. И в заключение свежак, сообщили днями на 7мом конгрессе по изучению мумии. В этот раз изучили ДНК содержимого мумифицированного желудка первобытного человека
Эци. Оказалось, что за пару часов до смерти человек употребил мяско
козы и семена злаков. Мяско козы, вероятно, перед употреблением термически обработалось, хотя шкуру сдирали не аккуратно, а ели вместе с шерстью.