Мед. Продолжение эпопеи.

Ну так вот. Закон про мед с пыльцой вступил в силу. Немецкие пчеловоды встречались с минстром потребления, чтобы обезопасить себя от дальнейших последствий вроде признания пыльцы примесью. Пока там еще не ясно, что будет дальше.

Тем временем провели массовые проверки меда с прилавков и в некоторых землях
обнаружили канадский мед с пыльцой трансгенной кукурузы. Кто бы сомневался. Мед изъят из продажи и ждет.

Общество немецких пчеловодов вдруг озаботилось судьбой канадского меда и требует разъяснений, что с ним делать.

Сделан запрос в EFSA.
EFSA заключило, что опасности для здоровья мед не представляет, хоть и находится вне закона.

А поскольку вне закона, значит должен быть уничтожен – мнение Зеленых. Внимание, еще раз – нормальный, никак не вредящий здоровью качественный продукт должен быть уничтожен.
Депутат Бундестага возмущена – зеленым важнее следовать своей идеологии, нежели выступать против уничтожения полезного и безопасного продукта питания.

Ладно там с медом. Наш институт занимается изучением трансгенных растений. Десяток лет тому назад размечтались и построили целые Ньювасюки, который пафосно назвали биопарком. Лаборатории, теплицы по последнему слову техники. Все для биотехнологических стартапов. И вот уже много лет стоит эта красотища … пустая. А кому оно надо, когда раз в год налетают гринписовские орки и уничтожают посевы? Понятно, надо что-то делать. Ну вот одна из монсант (пока не буду называть какая), так уж и быть, согласилась снять поля, теплицы и лаборатории для своих нужд. Нетрансгенных, конечно же, они тоже к коньюнктуре чувствительны, а классически селекционных. Но при одном условии, чтобы институт ни в коем случае не допустил переопыления с нашими экспериментальными трансгенами, в противном случае за переопыление будет финансово наказан. Закон такой. Лично для нас это означает свертывание экспериментальных программ. А речь идет, между прочим, о трансгенной пшенице с увеличенным содержанием белка. Мало нам орков с тяпками и улиями, теперь еще и фирмы.

Теперь взгляните на эту эпическую картину издалека, дорогие налогоплательщики. Экспериментальные исследования, которые проводятся на ваши деньги, проводиться не могут, потому что зеленые орки против. Это раз. А с другой стороны, фирма диктует условия институту, который существует на ваши кровные, какие исследования он может проводить, а какие нет. А все через прелестные законы о пыльце.

И в завершение, еще немного пыльцы.
stanpolozov сходил
в телевизор и что-то там говорил на тему ГМО. Откровенно говоря, слушала в пол-уха, пока не дослушала до какой-то там экспертши, которая на голубом глазу утверждала про межвидовое переопыление. Эта пыльца уже немного в печенках, если честно.

Пару слов о генетических анализах

Тут у нас докторант-бедолага бодается с чужими трансгенами. Вроде точняк трансгены. Проверили саузерном – вставка есть. В рамках кооперации решено отправить растения в дружественную лабораторию, а оттуда любезно запросили в довесок к растениям праймеры для проверки трансгенности ПЦРом. Праймеры, это такие короткие последовательности ДНК (можно даже на бумажке буковки).
А ПЦР это ПЦР. Ну вот докторант придумал праймеры и тестирует ПЦР. Прогнал форез и жалуется на результаты.

Смотрю – маркеры на месте, контрольная полоска с плазмидкой – есть. Дальше начинается бардак. В диком типе – полоска (а не должно быть) , в двух трансгенах – полосок нет (а должны). Зато есть жирнющая полоска правильного размера в совсем негативном контоле, содержащем воду.

Да, -говорит. Для контроля воду брал отдельно, чтобы не загрязнить плазмидой, наносил на гель на расстоянии от плазмиды, чтобы из кармана не перетекло. Воду перед этим проавтоклавировал.Говорю, ну знаешь, бывает и фальш-позитивные, и фальш-негативные, но чтобы в одном эксперименте было и то, и другое, такого не видела. В воде вообще замечательно. Посоветовала попроситься на работу к Люку Монтанье.

Напомню, Люк Монтанье это нобелевский лауреат за ВИЧ. Говорят, последнее время спятил и, видимо, хочет еще одну премию – шнобелевскую. Утверждает, что
вода помнит ДНКу. Вот,- говорю,- ты с этим ПЦРом это экспериментально и докажешь.

И в завершение бонус. Одно уважаемое издание попросило цитату о новых технологиях. Поскольку цитата не подошла – разрешу ее себе опубликовать здесь. Даже две.

"To live, to err, to fall, to triumph, to recreate life out of life" . "Портрет художника в юности" Джеймса Джойса, кто не в курсе. Спрашиваете, причем тут технологии? Ну это Вентер пошалил и процитировал Джойса в геноме бактерии микоплазма.

Еще одна цитата, оттуда же (из генома микоплазмы): "What I cannot build, I cannot understand" – Ричард Фейнман.

Ну тут Вентер оскандалился, потому что оригинальная цитата Фейнмана такая:

“What I cannot create, I do not understand."

Когда Вентеру указали на ошибку, он ответил следующее: "We agreed what was on the Internet was wrong, so we’re going back to change the genetic code to correct it".

Короче, поменял докторант праймеры, все получилось как надо.

Все побежали и я побежал Bandwagon effect

Не понимаю, с какой стати ломка копий на
эту тему вообще.

Народ сир, но мудр и четко распознал, что

психолог в кожаном корсете, стрингах и плеткой, интерпретирующий лису с хвостом
не исключен случай cognitive bias, причем чуть ли не весь набор этих биас, как у психологов и других экспертов, у суда и у самого народа в частности.

Вот:

Déformation professionnelle – психологическая дезориентация личности в ходе профессиональной деятельности. Тут ясно, только надо с профессиональной деятельностью определиться.

Или вот еще аберрация. Искажение в оценке роли субъекта действия — тенденция при объяснении поведения других людей чрезмерно подчёркивать влияние их профессиональных качеств и недооценивать влияние ситуации.

Confirmation bias – тенденция склоняться в пользу информации, которая подтверждает их предубеждения или гипотезы независимо от того, информация соответствует действительности. Это про суд, ясный перец.

Framing effect – делание различных выводов из одной и той же информации, в зависимости от того, как эта информация представлена​​. А это про нас.

Чего там еще есть? Не, ну серьезно, эти когнитивные гуманитарии все вроде по полчкам разложили.

Слепое пятно в отношении когнитивных искажений — тенденция не компенсировать свои собственные когнитивные искажения (в своем глазу бревна не вижу).

Когнитивное искажение в условиях неоднозначности — избегание вариантов действий, в которых отсутствующая информация делает вероятность «неизвестной». Ну есть и такое мнение, что мы чего-то еще не знаем, но нам это неприятно.

В общем, пора вызывать санитаров. А ЖЖ закрыть на карантин.

Тэк-с, ну еще раз про ГМО и пауза

В Европе сейчас действует допуск ГМО по документу 2001/18. В июле прошлого года Европейская комиссия
предложила ряд усовершенствований (pdf), согласно которым страны члены ЕС, а также отдельные регионы могут запрещать выращивание ГМО в обход генерального допуска ЕС.

Что есть такого важного и принципиального в этом документе? Если ГМО допущено в ЕС, то с этого момента снимаются все вопросы и претензии к конкретному ГМО касательно негативного влияния на здоровье людей, животных и окружающей среды.

А региональные запреты могут базироваться на социоэкономических критериях:

– мораль (религиозные, философские и этические вопросы);

– возможность выращивать не ГМО продукты;

– политические цели;

– градо- и ландшафтное стоительство;

– культурные аспекты (традиционное сельское хозяйство)

Уже летом этого года
предложено расширение этого списка возможными социоэкономическими последствиями для национальных экосистем, что бы это ни значило.

Я к чему это все говорю. С этого момента в спорах касательно биологических рисков ГМО заканчивается компетенция биологов и начинается компетенция

психотерапевтов
политиков и экономистов. И когда вы услышали новость, что какая-то страна чего-то там запретила, то это не потому, что гены, аллергены, умученные крысы и бабочки Монарха, а потому что рынок, коньюнктура, бабло, политика и религия.

ГМО новости

Не знаю, зачем я это все пишу. Пишу, привожу научные статьи, аргументы, действующие законодательства. Все-равно находятся читатели, которые ничего, кроме псевдонаучной заказухи с большим количеством умных слов в этом не видят. Спросить меня прямо не в бровь а в глаз, правда, почему-то боятся.

Пишут вот что: "Непонятно почему рассматривается вопрос "может ли употребление ГМО угрожать горизонтальным переносом генов" вместо вопроса "может ли употребление ГМО чем-то угрожать". Также непонятно, как серьезный ученый может писать сотни популяризаторских статей о том, что вредность ГМО не доказана, старательно избегая вопроса, существует ли риск, что такая вредность выявится впоследствии. И еще непонятно, почему так ведет себя не одна прогенес, а фактически все генетики, у которых достаточно возможностей нести свою точку зрения в массы".

Спускаюсь с небес на землю и перехожу на язык, понятный всем.

Яйцеголовые чуваки из Швеции в количестве 41, которые с пробирками и пипетками, написали
открытую петицию. Пишут вот что: 500 независимых учоных группировок получили 300 миллионов евриков от Европы для исследования рисков ГМО. И пришли к выводу "GMOs are not
per se more risky than conventional plant breeding technologies", что в переводе на человеческий означает, что "сила ночи – сила дня одинакова сами знаете что". Попутно замечу, что заказушной прогенес от вышеуказаных 300 миллионов евриков не перепало ни копейки, она и не претендует, бо занимается другими делами.

Еще чуваки пишут, что официальный допуск ГМО стоит 10 миллионов евриков и может длиться годами.
Вот свежайший репорт о системе допуска в ЕС. И не спрашивайте меня больше, откуда монополия у парочки монсант, которые могут себе такую роскошь позволить, а почему мелкий шведский производитель трансгенного тополя будет выращивать его не дальше экспериментальной теплицы.

Шведские учоные вопрошают, доколе будет длиться этот праздник квази-сайенс в политике?

К ним
присоединились британские учоние из всяких джониннес центров и кембриджей. Собирают подписи.

В комментах подсказывают: Финские учоные
чуть раньше подсуетились на эту же тему.

Думаю, что любому, прочитавшему петицию, станет более-менее ясно, почему "так ведет себя не одна прогенес, а
фактически все генетики, у которых достаточно возможностей нести свою точку зрения в массы". Попутно отвечаю на вопрос: может ли употребление ГМО чем-то угрожать? Может, если в картофан встроить метаболитический путь синтеза цикутоксина. Я даже гарантирую, что можно нехило травануться.

арт митс сайенс

Всматриваюсь в

бездну
транскриптом расповых эмбрионов с разными условиями культивирования. Вижу, одна супероксид дисмутаза зарепрессировалась, другая наоборот, активировалась. Решила узнать, в чем соль. Ищу что-то про Cu-Zn Superoxide Dismutase.
Нахожу. Ноты.
И музыку.

In the music, the 153 amino acid sequence of the protein is played through 3 times. The first read-through is a duet between oboe and flute, playing the more polar (water-soluble) and nonpolar (water-insoluble) amino acids respectively. In the second repetition of the sequence, other instruments represent the regions of secondary structure: trumpets for the beta strands, chimes for alpha helix, and tubular bells for the turns… This second voice is an allusion to the dimeric form of the active enzyme.

Гобой и флейта, труба и арфа, alpha helix и beta strand. Угу.
Там много такого.

И еще бонус. Недавно случайно наткнулась – продукт косметиЦкий с особенно широким спектром кислотности. Для эффективного удаления эпидермиса, шо ли?

Перепись населения

Небольшой отрезвляющий пост для любителей транскриптома. Подобную информацию уже где-то раньше встречала, но не помню где и, кажется, неполную. А тут опять наткнулась в
Genom express. Пусть теперь тут лежит.

Поситали, значит, мРНКу и белочки, которые с нее считываются. Вот что обнаружилось (прошу прощения за корявый перевод, некогда возиться):

Как мы видим, выраженная в цифрах скорость транскрипции в этой эпической картине занимает весьма скромное место: происходит медленно, быстро валится, а при этом трансляция разворачивается во всей своей красе. Самое вкусненькое, конечно же, происходит между тыщами белочков , которые находятся в один момент в клетке (не перестаю удивляться: куда это все помещается?!), что-то делают: синтезируют, передают сигналы и молекулы, строят комплексы, что-то разрушают, куда-то встраиваются, катализируют, связываются, транспортируются из клетки, в клетку, в разные части клетки и тыды и тыпы.

В этом смысле, регуляция трансляции привлекает все больше внимания.

По материалам Schwanhausser, B. et al. (2011) Global quantification of mammalian gene expression control. Nature

Вечер перестает быть томным

Тема
растительных miRNA приобрела интригующее продолжение. Напомню, речь идет о статье группы китайских товарищей в журнале Cell research

Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of cross-kingdom regulation by microRNA

ЖЖ-Зануды поковырялись в картинках и нашли
замечательное.

uncle_doc
поколдовал с картинками в фотошопе и возникло первое подозрение, что некоторые полосочки исчезли с картинок преднамеренно. Я не спец в фотошопе, поэтому именно в этом предположении ничего утверждать не берусь.

Но к доку присоединилась
tanchik и
обнаружила явные признаки копипейст вульгарис.

Добавлю свои пять копеек к копипасте, поскольку она обнаружилась еще в одном месте. Сравниваем три картинки Вестерн-блота: Fig.5B, Fig.3C и Fig.S3D (эта спрятана в дополнительных материалах).

Поразительную схожесть тубулинового контроля в картинках Fig.5B и Fig.S3D (внизу справа) обнаружила Танчик.

Штирлица выдал парашют
Схожесть выдает не только форма полосок, но и косой артефакт под первой полосочкой (обозначен красной стрелкой).

Однако удачный тубулиновый контроль с картинки Fig.5B еще раз использовали в изображении Fig.3C (внизу справа). У меня есть смутные предположения, что и LDLRAP1 на картинках Fig.3C и Fig.S3D тоже до боли похожи.

Желающие могут сравнить сами:

Что же это за журнал Cell Research? Cell Research is published by Nature Publishing Group in partnership with the Shanghai Institutes for Biological Sciences (SIBS), Chinese Academy of Sciences (CAS). Impact Factor 9.417* (ого!). Managing Editor- Lei Cheng. Такие дела.

Геномы

Я тут за работой всех нобелей-шнобелей пропустила. Но у меня есть другие новости.

Геномы секвенировать все еще модно. Создаются консорциумы, которые делят куски генома между собой, секвенируют и празднуют потом. Наш институт тоже отхватил пару хромосом ячменя на прочитку и страшно доволен. Каждый новый прочитанный геном это событие. Результаты пробуют втиснуть в Нейчур – это престижно. Дальше я буду говорить о растительных геномах – мне это ближе.

Пафосный геном

Буквально недавно
картофельный консорциум отчитался о прочитке генома картофана. Летом похвастались
об этом в Нейчур.

Зачем нам геном картошки:
The potato genome sequence provides a platform for genetic improvement of this vital crop.

Геном, как пиар

Где-то год назад
прочитан геном какао. Фирма Марс прочитала. Та, которая шоколадные батончики, ну вы в курсе. И что интересно, фирма выложила геном в открытый доступ, что для фирм вроде Марса не совсем характерно. Правда,
чтобы получить доступ, надо поклясться, что (внимание, это важно!) слямзив оттуда кусок генома, никто не будет его потом патентовать. В общем это такой симпатичный жест от фирмы с целью предотвратить генное патентование вообще.

Зачем нам геном какао:
The release of the cacao genome sequence will provide researchers with access to the latest genomic tools, enabling more efficient research and accelerating the breeding process, thereby expediting the release of superior cacao cultivars.

Геном, как хобби

В тем временем фирма
Medicinal Genomics без лишнего шума и помпы и без каких-либо пафосных междусобойчиков прочитала геном конопли. Думаете они в Нейчур написали? А вот и нетушки. Они написали об этом в Amazon, куда выложили в
открытый доступ всем любителям конопли. Правда это всего-лишь четыреста миллионов не сбитых в кучу коротких кусков. Хобби-биоинформатики могут сами поковыряться в этом паззле и собрать геном. Есть также вариант предварительного ессемблинга. А если у кого еще есть терпение, то может подождать – осенью обещают выпустить в виде Apps для айпеда.

Зачем нам геном конопли:
McKernan hopes his company’s data will help scientists explore a few of the others, and perhaps guide plant breeding programs to generate new Cannabis strains.

Удачи!